LncRNA 2'-O-甲基化測序(NM-seq)

2’-O-RNA甲基化是一種受RNA甲基化酶或纖維蛋白酶作用下，核糖RNA在2’位置上發生甲基化的化學修飾。在哺乳動物、酵母、植物、病毒等物種中普遍存在。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化修飾在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。從結構上，2’-O-RNA甲基化通過提高核苷酸的疏水性，從而增強其穩定性。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化影響mRNA與蛋白的結合、調控rRNA翻譯效率、參與tRNA識別等生物過程。

021-64878766

技術詳情

技術簡介
2’-O-RNA甲基化是一種受RNA甲基化酶或纖維蛋白酶作用下，核糖RNA在2’位置上發生甲基化的化學修飾。在哺乳動物、酵母、植物、病毒等物種中普遍存在。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化修飾在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。從結構上，2’-O-RNA甲基化通過提高核苷酸的疏水性，從而增強其穩定性。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化影響mRNA與蛋白的結合、調控rRNA翻譯效率、參與tRNA識別等生物過程。近年來，2’-O-RNA甲基化修飾作為一類新型RNA甲基化，高影響因子文章不斷，是繼m6A修飾之后的又一表觀轉錄組學熱點。
云序生物2’-O-RNA甲基化測序服務（NM-seq），可對2’-O-RNA修飾進行高通量檢測和單堿基定位。此外，云序生物針對2’-O-RNA甲基化開發了多款產品，可實現對mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多類RNA分子的2’-O-RNA甲基化修飾水平的全面檢測。

云序優勢
單堿基分辨
可對2’-O-RNA甲基化修飾進行單堿基定位。
高通量檢測
可對全轉錄組范圍內的2’-O-RNA位點進行高通量地平行檢測。
全分子覆蓋
可全面地對mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多類RNA分子的2’-O-RNA甲基化位點進行檢測。
一站式服務
客戶僅需提供組織或細胞，云序生物一站式完成RNA抽提，樣品預處理，建庫，測序，數據分析全套流程。
專業的生物信息學分析
專業的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求。

案件分析
案例1：人類mRNA上2’-O-RNA甲基化轉錄組圖譜
原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision
期刊：Nature Methods 影響因子：26.9
美國芝加哥大學研究團隊利用2’-O-RNA甲基化測序手段，檢測mRNA分子上的甲基化位點。與m6A RNA甲基化測序數據相比，2’-O-RNA甲基化位點主要分布在轉錄組CDS區，其中近一半在剪接位點附近，相當一部分在內含子中發現Nm位點。三分之一的2’-O-RNA甲基化位點在AGAUC處存序列偏好性，并且跟隨了5個堿基的A或G堿基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位點富含三種氨基酸的編碼密碼子?？偟膩碚f，該文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人類細胞中的分布特征。

圖1. 人類Hela細胞mRNA分子上2’-O-RNA甲基化位點的特征

案例2：2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3協助HIV病毒逃避宿主細胞免疫識別機制
原文：FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing
期刊：Nature 影響因子：41.6
外國研究人員首先借助蛋白互作實驗證實TRBP蛋白能夠在不依賴于DICER酶的作用下與FTSJ3結合，形成復合物，因此推測，FTSJ3是一種2'-O-甲基化轉移酶。接著，體外和體內實驗表明FTSJ3就是一種通過TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化轉移酶。通過優化的2’-O-RNA甲基化測序手段，證實在HIV病毒遺傳信息的特定位置上存在依賴于FTSJ3的2'-O-甲基化修飾。綜上，該研究證實TRBP-FTSJ3復合物通過招募到HIV病毒RNA發生2'-O-甲基化從而解釋了HIV病毒逃避宿主細胞先天免疫識別的機制。

圖2. TRBP蛋白在不依賴于DICER酶情況下與FTSJ3結合；HIV病毒RNA上存在多處2’-O-RNA甲基化位點

樣本要求
樣品類型
細胞、組織或RNA，其他樣本類型請電詢。
樣品量
a) 細胞：1×10⁸
b) 組織：500 mg - 5g
c) RNA：100 μg - 300 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA無明顯降解)
樣品運輸及保存
樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。