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絕大部分LncRNA的功能和作用機制未知,很難進行后續研究。LncRNA PCR芯片聚焦于已報道過的特定信號通路或疾病相關的LncRNA,能幫助客戶快速發現和解析與研究方向相關的LncRNA分子。此外,由于采用了高靈敏度的熒光定量PCR技術,云序生物LncRNA PCR芯片技術服務還具有靈敏度高,檢測速度快,準確度高等優勢,無需后續qPCR驗證。
云序生物LncRNA PCR array種類如下:
云序優勢
通路特異性:
聚焦于特定信號通路或疾病相關的LncRNA;
無需qPCR驗證:
采用高靈敏度的定量PCR技術進行檢測,無需后續進一步qPCR驗證;
特異性好:
預驗證過的PCR引物,特異性檢測目標LncRNA;
靈敏度高:
樣品的使用量低,每張芯片使用的總RNA至少可為25ng;
樣本要求樣品類型:
細胞、新鮮組織、體液或RNA樣品。其他類型樣品請致電詳詢。
樣品量:
a)細胞:5×106
b)組織:50mg
c)體液:2-3mL(全血、血清、血漿、尿液等)
d)總RNA:4μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;RNA 無明顯降解 ,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾)
樣品保存:
將收集的各類樣品用凍存管或離心管裝好,保存在低溫冰箱或者液氮中。所使用的1.5ml凍存管或離心管、qiang頭等須高溫滅菌處理,如處理 RNA 樣品,還需做去 RNA 酶處理,裝好樣品后管口需要以封口膜封好。注意已保存的樣品不要反復凍融。
樣品運輸:
1. 干冰運輸
根據干冰量準備大小適當的泡沫盒子,在盒子里面放入干冰(需要10公斤,至少為8公斤)和標本(用塑料袋或者塑膠手套裝好),盒子內的空隙用舊報紙塞滿,以防干冰揮發后有液體流出。泡沫箱須選擇壁較厚的,以免在運輸過程中破碎導致樣品丟失分別用封箱帶(透明膠帶)密封。在外面套上一個紙盒子,也要用膠帶密封。
2. 液氮運輸
凍存組織須干冰或液氮運輸。液氮無法快遞, 僅適用于市內運輸。
3. 常溫運輸
本市內細胞樣品也可以直接常溫運送,運送時在培養瓶中裝滿培養液并以封口膜封口。
ü 樣品運輸注意事項
打包好的樣品交給快遞公司時只需說明是物品,請不要提到有干冰、冰、液體等,以免拒收。
數據分析
1. 基因表達數據列表
2. 基因表達散點圖
3. 火山圖
4. 基因網絡分析
案例解析
案例1. 長鏈非編碼RNA在丙肝病 毒復制過程中的作用
長鏈非編碼RNA在多種生物學進程中發揮著重要作用。在之前的研究中,利用高通量測序等技術手段,研究人員發現了很多病 毒感 染相關的lncRNA,然而,lncRNA和HCV復制的相關性尚未見報道。已有研究表明信號傳導和轉錄激 活因子(STAT3)被HCV激 活,以此促進HCV的復制,其中具體的分子機制沒有被深入研究過。本文利用人lncRNA PCR array實驗,發現STAT3能夠促進lnc?IGF2?AS, lnc?7SK, lnc?SChLAP1和lnc?SRA1的表達。在這四種lncRNA中,只有lnc?IGF2?As和 lnc?7SK參與HCV的復制。將lnc?IGF2?As和 lnc?7SK表達水平敲低之后會抑 制HCV的復制,并且HCV復制相關蛋白PI4P表達下降??傮w來說,本文發現STAT3調控的兩種lncRNA通過調控PIP4參與HCV的復制過程。
圖1. STAT3刺激后細胞中lncRNA的差異表達
絕大部分LncRNA的功能和作用機制未知,很難進行后續研究。LncRNA PCR芯片聚焦于已報道過的特定信號通路或疾病相關的LncRNA,能幫助客戶快速發現和解析與研究方向相關的LncRNA分子。此外,由于采用了高靈敏度的熒光定量PCR技術,云序生物LncRNA PCR芯片技術服務還具有靈敏度高,檢測速度快,準確度高等優勢,無需后續qPCR驗證。
云序生物LncRNA PCR array種類如下:
云序優勢
通路特異性:
聚焦于特定信號通路或疾病相關的LncRNA;
無需qPCR驗證:
采用高靈敏度的定量PCR技術進行檢測,無需后續進一步qPCR驗證;
特異性好:
預驗證過的PCR引物,特異性檢測目標LncRNA;
靈敏度高:
樣品的使用量低,每張芯片使用的總RNA至少可為25ng;
樣本要求樣品類型:
細胞、新鮮組織、體液或RNA樣品。其他類型樣品請致電詳詢。
樣品量:
a)細胞:5×106
b)組織:50mg
c)體液:2-3mL(全血、血清、血漿、尿液等)
d)總RNA:4μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;RNA 無明顯降解 ,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾)
樣品保存:
將收集的各類樣品用凍存管或離心管裝好,保存在低溫冰箱或者液氮中。所使用的1.5ml凍存管或離心管、qiang頭等須高溫滅菌處理,如處理 RNA 樣品,還需做去 RNA 酶處理,裝好樣品后管口需要以封口膜封好。注意已保存的樣品不要反復凍融。
樣品運輸:
1. 干冰運輸
根據干冰量準備大小適當的泡沫盒子,在盒子里面放入干冰(需要10公斤,至少為8公斤)和標本(用塑料袋或者塑膠手套裝好),盒子內的空隙用舊報紙塞滿,以防干冰揮發后有液體流出。泡沫箱須選擇壁較厚的,以免在運輸過程中破碎導致樣品丟失分別用封箱帶(透明膠帶)密封。在外面套上一個紙盒子,也要用膠帶密封。
2. 液氮運輸
凍存組織須干冰或液氮運輸。液氮無法快遞, 僅適用于市內運輸。
3. 常溫運輸
本市內細胞樣品也可以直接常溫運送,運送時在培養瓶中裝滿培養液并以封口膜封口。
ü 樣品運輸注意事項
打包好的樣品交給快遞公司時只需說明是物品,請不要提到有干冰、冰、液體等,以免拒收。
數據分析
1. 基因表達數據列表
2. 基因表達散點圖
3. 火山圖
4. 基因網絡分析
案例解析
案例1. 長鏈非編碼RNA在丙肝病 毒復制過程中的作用
長鏈非編碼RNA在多種生物學進程中發揮著重要作用。在之前的研究中,利用高通量測序等技術手段,研究人員發現了很多病 毒感 染相關的lncRNA,然而,lncRNA和HCV復制的相關性尚未見報道。已有研究表明信號傳導和轉錄激 活因子(STAT3)被HCV激 活,以此促進HCV的復制,其中具體的分子機制沒有被深入研究過。本文利用人lncRNA PCR array實驗,發現STAT3能夠促進lnc?IGF2?AS, lnc?7SK, lnc?SChLAP1和lnc?SRA1的表達。在這四種lncRNA中,只有lnc?IGF2?As和 lnc?7SK參與HCV的復制。將lnc?IGF2?As和 lnc?7SK表達水平敲低之后會抑 制HCV的復制,并且HCV復制相關蛋白PI4P表達下降??傮w來說,本文發現STAT3調控的兩種lncRNA通過調控PIP4參與HCV的復制過程。
圖1. STAT3刺激后細胞中lncRNA的差異表達
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