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外泌體(Exosomes)是一種直徑在40~100 nm的圓形單層膜結構,是細胞外泌囊泡中體積較小的一種。外泌體可被大多數細胞分泌,并分布于唾液、血漿、乳汁、尿液等體液中。外泌體中不僅包含蛋白質成分,還包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA) 、長鏈非編碼RNA和mRNA、環狀RNA(circular RNA,circRNA)。外泌體所攜帶的這些 RNA 統稱為外泌體來源 RNA,具有完整的序列結構和生物活性。
云序生物mRNA測序服務針對不同樣品類型采用差異化的技術策略,不僅能夠檢測常規樣品,還能夠檢測降解樣品和微量樣品??蛻艨梢愿鶕悠非闆r,靈活選擇。此外,云序生物還擁有獨特的疾病和基因功能數據庫,可以深入分析與特定疾病或信號通路相關的基因的表達、可變剪切以及突變等,從而幫助客戶從海量數據中快速找到與自身研究背景相關的候選基因。
云序優勢
|
套餐1 |
套餐2 |
套餐3 |
適用范圍 |
>1 μg完整RNA |
>1 μg部分降解RNA |
低至10 pg(單細胞)的微量樣品 |
適用于降解樣品:
大部分公司采用低成本Oligo d(T)法富集mRNA,由于降解樣品中的mRNA會丟失Poly(A)尾巴,因而無法被檢測到。套餐2采用特有的,適用于降解樣品的去rRNA試劑盒,能夠極大程度地保留降解樣品中的mRNA信息,尤其適合于臨床樣品的mRNA檢測
適用于微量樣品:
套餐3采用商業化單細胞試劑盒,可以檢測低至單細胞量(~10 pg RNA)樣品中的mRNA
獨特的疾病和信號通路數據庫:
收集了與ai癥、糖尿病、心血管疾病、神經退行性疾病等人類重大疾病相關的基因,并詳細注釋了這些基因參與的信號通路,可以根據客戶的研究領域,對mRNA測序數據進行更加個性化的整合和篩選
一站式服務:
客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備,文庫制備,上機測序到數據分析的整套服務流程
專業的生物信息學分析:
云序生物擁有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求
樣本要求
樣品類型:
細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
樣品量:
a)細胞:2×107
b) 組織:100 mg
c) 體液:全血、血清、血漿 5 mL
腦脊液 10 mL
尿液 100 mL
d) 總RNA 2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 )
樣品運輸及保存:
樣品運輸:樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
數據分析(下列有※表示個性化分析)
1、差異mRNA篩選與聚類
篩選(Fold Change≥ 2, P值≤ 0.05)兩組或多組樣品間差異表達的mRNA倍數變化。
注:Fold Change代 表差異倍數,P值代 表差異明顯性,篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整
2、特定疾病或通路的個性化篩選※
整合mRNA測序數據與云序生物特有的疾病和信號通路數據庫,發現與特定疾病或通路相關的差異mRNA、可變剪切或cSNP。
Entrez
ID
183
3630
1636
5972
1906
3952
4846
Gene
AGT
INS
ACE
REN
EDN1
LEP
NOS3
3、差異mRNA的GO和信號通路分析
進行差異基因GO功能富集分析,以推斷差異基因參與的生物學功能
4、基因富集分析(GSEA)※
尋找與樣品表型相關的功能基因集合(gene set,包括信號通路或其他基因集合)
5、基因共表達網絡分析※
根據基因間的表達相關性,構建共表達網絡,以推斷未知的基因功能。
6、基因互作網絡分析※
確定差異基因間的相互作用關系,篩選起關鍵作用的核 心基因及其相應的靶基因
7、基因表達水平累積曲線※
展示每個樣本不同表達強度的基因數目,揭示表型對基因表達的整體影響
案例解析
案例1:脂肪來源的干細胞分泌外泌體可減輕脂肪炎癥和肥胖現象
期刊:Diabetes 影響因子:7.27
原文:Exosomes From Adipose-Derived Stem Cells Attenuate Adipose Inflammation and Obesity Through Polarizing M2 Macrophages and Beiging in White Adipose Tissues
在這項研究中,來自山東大學基礎醫學院的研究人員利用外泌體mRNA測序技術,研究來自WAT的ADSCs分泌外泌體使巨噬細胞向表達高水平的Arg-1和IL-10的M2極化,該過程主要依賴外泌體轉移活性STAT3來實現的。值得注意的是,ADSC衍生的外泌體處理的肥胖小鼠后表現出WAT炎癥的減少,改善的代謝穩態和延緩肥胖進展。ADSC衍生的外泌體在WAT中驅動M2巨噬細胞的極化,進一步促進了WAT的作用,從而產生了上述有益的效果。本文闡述了一種全新的外泌體介導的ADSCs巨噬細胞級聯干擾機制,促進 WAT 通路免疫反應及代謝穩態,從而為肥胖和糖尿病患者提供潛在的治 療方案。
圖 1. ADSC衍生的外泌體可改善高脂飲食喂養小鼠的WAT動態平衡
外泌體(Exosomes)是一種直徑在40~100 nm的圓形單層膜結構,是細胞外泌囊泡中體積較小的一種。外泌體可被大多數細胞分泌,并分布于唾液、血漿、乳汁、尿液等體液中。外泌體中不僅包含蛋白質成分,還包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA) 、長鏈非編碼RNA和mRNA、環狀RNA(circular RNA,circRNA)。外泌體所攜帶的這些 RNA 統稱為外泌體來源 RNA,具有完整的序列結構和生物活性。
云序生物mRNA測序服務針對不同樣品類型采用差異化的技術策略,不僅能夠檢測常規樣品,還能夠檢測降解樣品和微量樣品??蛻艨梢愿鶕悠非闆r,靈活選擇。此外,云序生物還擁有獨特的疾病和基因功能數據庫,可以深入分析與特定疾病或信號通路相關的基因的表達、可變剪切以及突變等,從而幫助客戶從海量數據中快速找到與自身研究背景相關的候選基因。
云序優勢
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套餐1 |
套餐2 |
套餐3 |
適用范圍 |
>1 μg完整RNA |
>1 μg部分降解RNA |
低至10 pg(單細胞)的微量樣品 |
適用于降解樣品:
大部分公司采用低成本Oligo d(T)法富集mRNA,由于降解樣品中的mRNA會丟失Poly(A)尾巴,因而無法被檢測到。套餐2采用特有的,適用于降解樣品的去rRNA試劑盒,能夠極大程度地保留降解樣品中的mRNA信息,尤其適合于臨床樣品的mRNA檢測
適用于微量樣品:
套餐3采用商業化單細胞試劑盒,可以檢測低至單細胞量(~10 pg RNA)樣品中的mRNA
獨特的疾病和信號通路數據庫:
收集了與ai癥、糖尿病、心血管疾病、神經退行性疾病等人類重大疾病相關的基因,并詳細注釋了這些基因參與的信號通路,可以根據客戶的研究領域,對mRNA測序數據進行更加個性化的整合和篩選
一站式服務:
客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備,文庫制備,上機測序到數據分析的整套服務流程
專業的生物信息學分析:
云序生物擁有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求
樣本要求
樣品類型:
細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
樣品量:
a)細胞:2×107
b) 組織:100 mg
c) 體液:全血、血清、血漿 5 mL
腦脊液 10 mL
尿液 100 mL
d) 總RNA 2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 )
樣品運輸及保存:
樣品運輸:樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
數據分析(下列有※表示個性化分析)
1、差異mRNA篩選與聚類
篩選(Fold Change≥ 2, P值≤ 0.05)兩組或多組樣品間差異表達的mRNA倍數變化。
注:Fold Change代 表差異倍數,P值代 表差異明顯性,篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整
2、特定疾病或通路的個性化篩選※
整合mRNA測序數據與云序生物特有的疾病和信號通路數據庫,發現與特定疾病或通路相關的差異mRNA、可變剪切或cSNP。
Entrez
ID
183
3630
1636
5972
1906
3952
4846
Gene
AGT
INS
ACE
REN
EDN1
LEP
NOS3
3、差異mRNA的GO和信號通路分析
進行差異基因GO功能富集分析,以推斷差異基因參與的生物學功能
4、基因富集分析(GSEA)※
尋找與樣品表型相關的功能基因集合(gene set,包括信號通路或其他基因集合)
5、基因共表達網絡分析※
根據基因間的表達相關性,構建共表達網絡,以推斷未知的基因功能。
6、基因互作網絡分析※
確定差異基因間的相互作用關系,篩選起關鍵作用的核 心基因及其相應的靶基因
7、基因表達水平累積曲線※
展示每個樣本不同表達強度的基因數目,揭示表型對基因表達的整體影響
案例解析
案例1:脂肪來源的干細胞分泌外泌體可減輕脂肪炎癥和肥胖現象
期刊:Diabetes 影響因子:7.27
原文:Exosomes From Adipose-Derived Stem Cells Attenuate Adipose Inflammation and Obesity Through Polarizing M2 Macrophages and Beiging in White Adipose Tissues
在這項研究中,來自山東大學基礎醫學院的研究人員利用外泌體mRNA測序技術,研究來自WAT的ADSCs分泌外泌體使巨噬細胞向表達高水平的Arg-1和IL-10的M2極化,該過程主要依賴外泌體轉移活性STAT3來實現的。值得注意的是,ADSC衍生的外泌體處理的肥胖小鼠后表現出WAT炎癥的減少,改善的代謝穩態和延緩肥胖進展。ADSC衍生的外泌體在WAT中驅動M2巨噬細胞的極化,進一步促進了WAT的作用,從而產生了上述有益的效果。本文闡述了一種全新的外泌體介導的ADSCs巨噬細胞級聯干擾機制,促進 WAT 通路免疫反應及代謝穩態,從而為肥胖和糖尿病患者提供潛在的治 療方案。
圖 1. ADSC衍生的外泌體可改善高脂飲食喂養小鼠的WAT動態平衡
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