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技術簡介
染色質免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白質與DNA相互作用的經典技術，被普遍應用于轉錄因子結合位點或組蛋白修飾位點的研究。
云序生物提供的ChIP-Seq服務，將ChIP和高通量測序技術結合，在全基因組范圍內檢測與特定轉錄因子或組蛋白結合的DNA位點。配合強大的生信分析實力，云序生物提供的不僅是海量的測序數據，而且是根據您的研究目的，有針對性地挖掘提煉出取之即可用的結果及出版級圖片。
云序優勢
一站式服務：
客戶只需提供細胞或組織，云序生物為您完成從樣品準備、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。
嚴格的質控：
嚴格的質控是ChIP-Seq實驗成功的前提。云序生物對ChIP-Seq實驗的各個環節進行嚴格的質控，盡可能地降低實驗風險。
優化的ChIP流程：
ChIP富集效率是ChIP-Seq成敗的關鍵，云序生物采用商業化ChIP試劑盒和優化的實驗流程，確?？蛻臬@得優 質的數據。
專業的生物信息學分析：
云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求。
樣本要求
樣品類型：
組織，細胞樣品或IP富集DNA。其它類型樣品請詳詢。
樣品量：
a）細胞 5×108
b）組織 1 g
c）IP富集DNA至少10 ng
樣品運輸及保存：
樣品運輸：干冰運輸，DNA可冰袋運輸；
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成5-10 mg的小塊），-80℃保存，樣品保存期間避免反復凍融。DNA可短期-20℃保存。
數據分析（僅供展示 詳見demo報告）
1、蛋白因子富集峰（peak）識別※
利用流行的MACS軟件進行峰識別，默認P < 10-5識別基因組上的蛋白因子富集峰。
2、蛋白因子富集峰（peak）注釋※
將富集峰與鄰近的基因聯系起來，以推斷蛋白因子對鄰近基因表達的影響。
3、蛋白因子reads散點圖※
以散點圖形式展示兩個（或兩組）樣品間的reads分布，以從整體上查看樣品間的蛋白因子富集情況。
4、啟動子區信號分布※
蛋白因子通常結合在基因的啟動子區，從而調控基因表達。通過繪制轉錄起始位點（TSS）周圍的信號分布，可以直觀地了解蛋白因子在啟動子區的富集偏好性。
5、蛋白因子結合位點（motif）預測※
轉錄因子往往有特定的DNA識別序列，motif分析可以幫助驗證或推斷該蛋白因子的DNA結合motif。
6、Reads的分布※
使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS，genebody，TES 等位點的分布情況，可以用來觀察 RNA 甲基化對 TSS 等位點是否有偏好。
7、啟動子富集峰對應基因的GO和信號通路分析
對啟動子富集峰對應的基因進行GO和信號通路分析，以推斷蛋白因子的功能和參與的信號通路。
案例解析
案例1：解析組蛋白修飾
原文：Epigenomic analysis of multilineage differentiation of human embryonic stem cells
期刊：Cell 影響因子：31.39
為了研究胚胎發育過程中的表觀遺傳調控，本文結合ChIP測序、甲基化測序和轉錄組測序，系統性地調查了人類胚胎干細胞在分化為不同類型細胞過程中的染色體修飾、DNA甲基化修飾以及轉錄組變化。通過各種測序數據的聯合分析發現：胚胎發育早期活躍的啟動子CpG含量比較高，并且在不表達的細胞中它們往往具有組蛋白H3K27me3修飾，從而維持抑 制狀態。相反地，胚胎發育后期表達的基因的啟動子CpG含量比較低，并且主要通過DNA甲基化維持抑 制狀態。
圖1. 人類胚胎干細胞（H1）的24種組蛋白修飾情況、甲基化水平和轉錄情況
案例2：解析轉錄因子結合
原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells
期刊：Genome Research 影響因子：10.10
本文通過ChIP測序系統性地調查了11種不同類型人類細胞中3種轉錄因子（CTCF、RNAPII和MYC）與基因組的結合情況。結果表明：CTCF主要結合在基因間區，而RNAPII和MYC則偏向于結合在核 心啟動子區。CTCF結合位點在不同類型細胞中往往沒有多大變化，而MYC的結合則呈現強烈的細胞特異性。MYC和RNAPII在很多區域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通過整合轉錄組測序數據發現：轉錄因子結合與潛在靶基因的表達正相關，多個轉錄因子的組合結合，尤其是MYC和RNAPII的同時結合與基因高表達有著很強的關聯性。
圖2. 在11種人類細胞中，三種轉錄因子（CTCF、RNAPII和MYC）在轉錄起始位點上下游1.5kb范圍內的結合情況
技術簡介
染色質免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白質與DNA相互作用的經典技術，被普遍應用于轉錄因子結合位點或組蛋白修飾位點的研究。
云序生物提供的ChIP-Seq服務，將ChIP和高通量測序技術結合，在全基因組范圍內檢測與特定轉錄因子或組蛋白結合的DNA位點。配合強大的生信分析實力，云序生物提供的不僅是海量的測序數據，而且是根據您的研究目的，有針對性地挖掘提煉出取之即可用的結果及出版級圖片。
云序優勢
一站式服務：
客戶只需提供細胞或組織，云序生物為您完成從樣品準備、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。
嚴格的質控：
嚴格的質控是ChIP-Seq實驗成功的前提。云序生物對ChIP-Seq實驗的各個環節進行嚴格的質控，盡可能地降低實驗風險。
優化的ChIP流程：
ChIP富集效率是ChIP-Seq成敗的關鍵，云序生物采用商業化ChIP試劑盒和優化的實驗流程，確?？蛻臬@得優 質的數據。
專業的生物信息學分析：
云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求。
樣本要求
樣品類型：
組織，細胞樣品或IP富集DNA。其它類型樣品請詳詢。
樣品量：
a）細胞 5×108
b）組織 1 g
c）IP富集DNA至少10 ng
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樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成5-10 mg的小塊），-80℃保存，樣品保存期間避免反復凍融。DNA可短期-20℃保存。
數據分析（僅供展示 詳見demo報告）
1、蛋白因子富集峰（peak）識別※
利用流行的MACS軟件進行峰識別，默認P < 10-5識別基因組上的蛋白因子富集峰。
2、蛋白因子富集峰（peak）注釋※
將富集峰與鄰近的基因聯系起來，以推斷蛋白因子對鄰近基因表達的影響。
3、蛋白因子reads散點圖※
以散點圖形式展示兩個（或兩組）樣品間的reads分布，以從整體上查看樣品間的蛋白因子富集情況。
4、啟動子區信號分布※
蛋白因子通常結合在基因的啟動子區，從而調控基因表達。通過繪制轉錄起始位點（TSS）周圍的信號分布，可以直觀地了解蛋白因子在啟動子區的富集偏好性。
5、蛋白因子結合位點（motif）預測※
轉錄因子往往有特定的DNA識別序列，motif分析可以幫助驗證或推斷該蛋白因子的DNA結合motif。
6、Reads的分布※
使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS，genebody，TES 等位點的分布情況，可以用來觀察 RNA 甲基化對 TSS 等位點是否有偏好。
7、啟動子富集峰對應基因的GO和信號通路分析
對啟動子富集峰對應的基因進行GO和信號通路分析，以推斷蛋白因子的功能和參與的信號通路。
案例解析
案例1：解析組蛋白修飾
原文：Epigenomic analysis of multilineage differentiation of human embryonic stem cells
期刊：Cell 影響因子：31.39
為了研究胚胎發育過程中的表觀遺傳調控，本文結合ChIP測序、甲基化測序和轉錄組測序，系統性地調查了人類胚胎干細胞在分化為不同類型細胞過程中的染色體修飾、DNA甲基化修飾以及轉錄組變化。通過各種測序數據的聯合分析發現：胚胎發育早期活躍的啟動子CpG含量比較高，并且在不表達的細胞中它們往往具有組蛋白H3K27me3修飾，從而維持抑 制狀態。相反地，胚胎發育后期表達的基因的啟動子CpG含量比較低，并且主要通過DNA甲基化維持抑 制狀態。
圖1. 人類胚胎干細胞（H1）的24種組蛋白修飾情況、甲基化水平和轉錄情況
案例2：解析轉錄因子結合
原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells
期刊：Genome Research 影響因子：10.10
本文通過ChIP測序系統性地調查了11種不同類型人類細胞中3種轉錄因子（CTCF、RNAPII和MYC）與基因組的結合情況。結果表明：CTCF主要結合在基因間區，而RNAPII和MYC則偏向于結合在核 心啟動子區。CTCF結合位點在不同類型細胞中往往沒有多大變化，而MYC的結合則呈現強烈的細胞特異性。MYC和RNAPII在很多區域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通過整合轉錄組測序數據發現：轉錄因子結合與潛在靶基因的表達正相關，多個轉錄因子的組合結合，尤其是MYC和RNAPII的同時結合與基因高表達有著很強的關聯性。
圖2. 在11種人類細胞中，三種轉錄因子（CTCF、RNAPII和MYC）在轉錄起始位點上下游1.5kb范圍內的結合情況
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