技術簡介
DNA羥甲基化能控制基因表達，因而在動植物的生長發育過程中發揮著關鍵的調控作用，并且與包括ai癥在內的多種人類疾病密切相關，是表觀遺傳學研究的熱點。
云序生物提供的hMeDIP測序服務，將羥甲基化DNA免疫共沉淀技術（hMeDIP）和高通量測序相結合，能夠幫助客戶快速地獲取全基因組范圍內的DNA羥甲基化圖譜，并比較不同樣品中的羥甲基化分布差異。配合強大的生信分析實力，我們提供的不僅是海量的測序數據，而且是根據您的研究目的，有針對性地挖掘提煉出取之即可用的結果及出版級圖片。

云序優勢
一站式服務：
客戶只需提供細胞、組織或基因組DNA，云序生物為您完成從hMeDIP富集，文庫制備，上機測序到數據分析整套服務流程
優化的實驗流程：
hMeDIP的富集效率是決定數據質量的關鍵，云序生物hMeDIP實驗采用預驗證的商業化抗體和精心優化的實驗流程，具有極高的效率和特異性
嚴格的質控：
云序生物對hMeDIP實驗的各個關鍵步驟進行嚴格的質控，全程監控實驗質量，確?？蛻舻玫絻?質的數據

專業的生物信息學分析：

云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求

樣品類型：
細胞、組織、體液、總gDNA。其它類型樣品請詳詢。
樣品量：
a）細胞 2×10⁷
b）組織 100 mg
c）gDNA 3μg
樣品運輸及保存：
樣品運輸：樣品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰運輸，DNA可用冰袋運輸。
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊切塊，液氮凍存后-80℃保存；DNA樣品短期內可-20℃，避免反復凍融。

云序數據分析（僅供展示，詳見demo報告）
1、DNA羥甲基化富集峰的識別
通過高通量測序和生物信息分析，識別甲基化富集的基因組區域，默認p <= 1e-5（具體參數以報告為準，云序生物會根據數據，適當調整參數）的峰為統計上明顯的甲基化區。

注：：每個樣品組做一個Input，以去除基因組背景，降低假陽性率

2、DNA羥甲基化區域富集峰的注釋
富集峰識別后，得到的是一堆基因組位置信息，通過生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進行注釋，并根據峰中點相對于已知基因的位置，將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

3、DNA羥甲基化富集峰區域的在基因中的分布※

      

4、差異DNA羥甲基化區域的鑒定（DMRs）與注釋
云序生物使用diffReps軟件進行差異甲基化區（differentially methylated regions，DMRs）鑒定。默認p-value<0.0001，fold change >=2作為差異甲基化區的閾值。

5、差異DNA羥甲基化區的GO（Gene Ontology）與信號通路分析
目的：對差異甲基化基因進行功能分類，并發現明顯性富集的功能條目

6、DNA羥甲基化可視化

案例解析
案例：hMeDIP-seq揭示了心機細胞發育與肥大過程中的基因表達與5hmC有關
DNA hydroxymethylation controls cardiomyocyte gene expression in development and hypertrophy[J].Greco C M, Kunderfranco P, Rubino M, et al . Nature Communications, 2016, 7:12418.
5-hmC（DNA羥甲基化）在基因體上富集能夠激 活基因的轉錄調控，但對啟動子和遠端調節區的功能不太清楚。本文主要是以不同發育時間點和心肌肥大的心肌細胞為實驗載體，主要剖析5-hmC在心肌細胞（CMC）基因組中的分布，并揭示了5-hmC在心臟發育和疾病中的作用機制。1）通過DNA羥甲基化測序，作者發現在心臟發育過程中，CMCs中的5-hmC在基因間區域逐漸減少，并向GB上富集（圖1）。2）通過DNA羥甲基化和轉錄組關聯分析，作者得出5-hmC是CMCs發育和肥大過程中的重要調控因子（圖2）。

圖1、不同類型心肌細胞中5hmC的表達譜

圖2、5hmC與基因表達相關