技術簡介

m1A是一類新發現的RNA甲基化修飾，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上發生甲基化修飾（N1-methyladenosine，m1A）。m1A已經在tRNA、rRNA、mRNA和non-coding RNA上被發現。研究表明m1A可以調控翻譯和延伸，以及rRNA的穩定性和正確折疊。m1A還廣泛參與腫瘤發生和多種疾病，但其機制和潛在功能亟待發掘。

針對m1A修飾，云序生物采用m1A-MAP-seq（Misincorporation-assisted profiling of m1A）方法。該方法利用m1A修飾在反轉錄時會導致錯配這一特性，實現單堿基分辨m1A修飾位點。該方法的實驗流程為：將隨機片段化的RNA樣本用m1A特異性抗體進行富集，同時留一部分不做處理，作為對照（input）；然后再將富含m1A修飾的RNA片段分為兩部分，一部分用去甲基化酶AlkB處理[demethylase(+)]，一部分不處理[demethylase(-)]。最后對獲得的三個樣本分別進行建庫測序。對比去甲基化酶（-）和去甲基化酶（+）的結果，捕捉堿基突變的信號，來實現m1A甲基化修飾位點單堿基分辨率的鑒定。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段，將m1A RNA甲基化修飾位點定位到轉錄組上，并根據RNA-Seq數據，不僅計算出樣本中m1A甲基化程度，同時還可以找到m1A甲基化修飾的具體位點信息。

云序生物m1A-MAP-seq實驗流程

云序生物m1A RNA甲基化測序產品

m1A-MAP全轉錄組測序

同時檢測m1A甲基化的環狀RNA，LncRNA和mRNA

m1A-MAP lncRNA測序

同時檢測m1A甲基化的LncRNA和mRNA

m1A-MAP mRNA測序

檢測m1A甲基化的所有mRNA

m1A-MAP 環狀RNA測序

檢測m1A甲基化的所有環狀RNA

m1A-MAP pri-miRNA測序

檢測m1A甲基化的所有pri-miRNA

m1A-MAP tRNA測序

檢測m1A甲基化的所有tRNA

樣本要求

樣品類型：

組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。

樣品量：

細胞： > 2×10⁷

組織：  100 mg-1 g 

總RNA：30-300 μg （OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5；無明顯降解，電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰，無明顯彌散或拖尾 28S：18S≥1.5或者RIN≥7）

樣品運輸及保存：

樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成5-10 mg的小塊），液氮凍存后，-80℃保存，RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，樣品保存期間避免反復凍融。

云序優勢 

單堿基分辨

m1A RNA甲基化單堿基測序方式，可對m1A甲基化修飾進行單堿基定位。

全分子覆蓋

可全面地對環狀RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA和tRNA等多類RNA分子的m1A位點進行檢測。

一站式服務

客戶僅需提供組織或細胞，云序生物一站式完成RNA抽提，樣品預處理，建庫，測序，數據分析全套流程。

專業的生物信息學分析

專業的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求

數據分析（僅供展示，詳見demo報告）

1.m1A甲基化分布圖※

2.差異甲基化位點的聚類分析

3.m1A甲基化位點motif分析※

4.m1A甲基化位點可視圖

5.差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析

案例解析：

1、細胞核和線粒體編碼的轉錄本的m1A甲基化修飾

原文：Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts

期刊：Molecular Cell   影響因子：16

作者利用單堿基分辨率的m1A-MAP-seq方法鑒定了細胞核和線粒體的m1A甲基化位點。發現位于5’UTR，特別是轉錄本第一和第二位上的m1A，能夠提高翻譯效率，而位于編碼區的m1A 可抑制翻譯。小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位點由一個已知的甲基化酶復合物TRMT6/61A 修飾。此外，還發現m1A在線粒體編碼的轉錄本中普遍存在。

m1A-MAP揭示核編碼和線粒體編碼轉錄本上不同類型的m1A甲基化譜

2、肝細胞癌相關的m1A修飾介導的分子調控機制

原文：N1-methyladenosine methylation in tRNA drives liver tumourigenesis by regulating cholesterol metabolism

期刊：Nature Communications   影響因子：16.6

作者通過RNA-Seq、m1A-MAP-seq及Ribo-seq等技術方法發現在肝細胞癌(HCC)患者腫瘤組織中tRNA的m1A甲基化水平顯著升高。TRMT6和TRMT61A形成m1A甲基轉移酶復合物，在晚期HCC腫瘤中高度表達，并與HCC患者的生存率呈負相關。TRMT6/ TRMT61A介導的m1A甲基化是肝臟腫瘤發生所必需的。TRMT6/TRMT61A提高tRNA的m1A甲基化水平，從而提高PPARδ翻譯，進而引起膽固醇合成，激活Hedgehog信號，最終驅動CSCs的自我更新和腫瘤發生。

tRNA m1A58 甲基化