技術簡介

R-loop是一種特殊的染色體結構，由一條RNA:DNA雜合鏈和一條單鏈DNA所組成。目前越來越多的證據發現這種獨特的染色質結構在原核和真核生物中普遍存在，在很多關鍵的生物學過程中發揮重要功能，包括染色質修飾、轉錄調控、DNA損傷修復以及基因組穩定性等。

基于單鏈DNA建庫的DNA:RNA雜合鏈免疫共沉淀及高通量測序技術（簡稱ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing）表現出易操作、精準、高效、高度靈敏、可重復性好等優點，并且可獲得DNA鏈特異性信息。

實驗原理

首先經過溫和的DNA提取和限制性內切酶酶切片段化，然后用S9.6抗體對R環結構進行免疫沉淀實驗（該抗體對RNA-DNA雜交物顯示出亞納摩爾親和力，對雙鏈DNA幾乎沒有親和力）。隨后將Adp1連接到ssDNA的3 '端，后續生物信息學分析可以根據該接頭區分DNA鏈，且文庫構建步驟較少。隨后，將Adp2連接到ssDNA的5 '端，進行擴增及測序。這種方法避免了基于隨機引物的方法固有的偏差，因為它以序列獨立的方式連接接頭。

產品優勢

靈敏度高：能夠得到全基因組范圍內的R-loop圖譜

特異性好：背景噪音低，所需測序深度少

鏈特異性：采用鏈特異性建庫，保留鏈的信息

實驗重復性好：實驗重復結果一致性好

樣品要求

樣品類型

組織、細胞、總DNA或IP后DNA。其它類型樣品請詳詢。

樣品量

a) 細胞：2×10⁷

b) 組織：100 mg

c) 總DNA：> 30 μg

樣品運輸及保存

樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊，液氮凍存后-80℃保存；DNA樣品-80℃保存，避免反復凍融。

案例分析

主題：The R-loop is a common chromatin feature of the Arabidopsis genome

期刊：Nature Plants         發表日期：2017.8.28           影響因子：18

該研究以模式植物擬南芥為材料，在傳統R-loop全基因組檢測技術基礎上開發出一種全新的檢測方法：基于單鏈DNA建庫的DNA:RNA雜合鏈免疫共沉淀及高通量測序技術（簡稱ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing）。與已報道的全基因組R-loop檢測方法相比，ssDRIP-seq表現出易操作、精準、高效、高度靈敏、可重復性好等優點，并且可獲得DNA鏈特異性信息?；趕sDRIP-seq，該研究獲得了擬南芥全基因組水平R-loop的精準分布特征，如R-loop在擬南芥基因組中分布廣泛且相對穩定，與基因表達、DNA甲基化、染色質修飾、GC/AT skew等存在著緊密關系。不同于哺乳動物基因組，擬南芥中廣泛存在一類反義長非編碼RNA在正義鏈轉錄起始位點形成的R-loop，推測這類特別的R-loop在調節基因轉錄起始或控制基因轉錄過程中發揮重要作用。