SLAM-seq（thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA）可以理解為“S4U烷基化RNA代謝測序技術”，通過核苷類似物(S4U) 標記和高通量測序方法，實現對新生RNA與原有RNA的定量和識別。SLAM-seq技術有助于檢測RNA的半衰期與穩定性變化，鑒定RNA修飾所介導的靶基因變化，以及揭示mRNA穩定性的決定性因素。SLAM-seq是研究基因動態表達的首選，云序生物提供SLAM-seq測序服務，助力客戶深入研究基于轉錄調控的相關機制。

SLAM-seq技術原理

SLAM-seq技術是在培養的細胞中加入4-thiouridine (S4U)核酸類似物，轉錄時S4U可以與DNA序列上的A堿基互補配對，從而進入新合成的RNA鏈中。抽提總RNA，加入碘乙酰胺（IAA）使其發生化學修飾。在逆轉錄過程中發生修飾的S4U與G堿基發生錯配生成cDNA單鏈，導致最終檢測結果里原本的T變成了C。通過分析檢測 T→C 的轉變比例，即可得到新生RNA的信息。

實驗流程簡述如下：

1）S4U標記：培養的細胞中加入S4U，得到帶有S4U標記的新生RNA；

2）加化學修飾：抽提純化RNA，并加入碘乙酰胺（IAA）誘導S4U發生化學修飾；

3）構建文庫：逆轉錄時S4U與G發生錯配，后續PCR中G又與C配對；

4）上機測序：最終測序結果中本來該為T的位點被識別為C；

5）生物信息學分析：檢測 T→C 的轉變比例，即可得到新生RNA。

SLAM-seq測序流程圖

云序技術優勢

優勢1：操作簡單

對于常規的新生RNA檢測技術，一般需要復雜的標準化方案或者加入spike-in，而SLAM-seq無需繁瑣且技術要求苛刻的免疫共沉淀或生物素分離等操作，操作簡單。

優勢2：RNA用量少

后續分析中只需要檢測 T→C 轉變比例，即可知道新合成的RNA情況，大大減少了RNA的用量。

優勢3：靈敏度高

SLAM-seq可以通過區分已有的RNAs以及新合成的RNAs來扣除背景信號，對新合成的RNAs進行差異分析，提高基因差異表達檢測的靈敏度。

優勢4：應用方向廣

SLAM-seq技術除了可對新合成的轉錄本進行定量，還有助于檢測RNA的半衰期與穩定性變化，評估增強子的活性，鑒定RNA修飾所介導的靶基因變化，以及揭示mRNA穩定性的決定性因素等。

優勢5：一站式服務

客戶只需提供細胞，云序生物為您完成從樣品準備，文庫制備，上機測序到數據分析的整套服務流程。

優勢6：專業的生物信息學分析

云序生物擁有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求。

樣本要求

1.樣品類型：細胞      

2.樣品量：

細胞：2×10⁶

3.樣品處理：

在細胞培養時，將S4U（100μM）核酸類似物摻入培養基內，培養24 h（文獻推薦，具體可調整），倒掉培養基。用PBS清洗2次后，加入TRIzol或RNA保護劑處理，轉移至1.5ml離心管，封口膜封好，液氮凍存后-80℃保存（注意已保存的樣品不要反復凍融）。

4.樣品運輸：

如需運輸請使用干冰包裹。

案例解析

案例1：SLAm-seq可對轉錄本穩定性進行檢測

題目：Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics

期刊：Nature Methods

高通量測序的基因表達譜揭示了穩定狀態下RNA種類的定性和定量變化，但模糊了RNA轉錄、加工和衰變的細胞內動力學。本研究中作者開發了用于RNA代謝測序的SLAM-seq，SLAM-seq能夠快速獲取總RNA背景下RNA聚合酶II依賴的基因表達動態。在小鼠胚胎干細胞中驗證了該方法，為了直接測量mRNA轉錄的穩定性，將mESCs進行S4U代謝RNA標記24小時，并在各個時間點制備總RNA。然后對總RNA進行烷基化和定量測序。最終通過mRNA的半衰期測量結果顯示，在mESCs中，mRNA的穩定性與mRNA的半衰期測量結果總體上具有良好的相關性。

圖1：mESCs中多聚腺苷酸轉錄本的豐度水平

圖2：mESCs中全局和轉錄特異性mRNA的穩定性

案例2：通過SLAM-seq定義了BRD4-MYC軸的直接基因調控功能

題目：SLAM-seq defines direct gene-regulatory functions of the BRD4-MYC axis

期刊：Science

作者通過將SLAM-seq與藥理學和化學遺傳擾動相結合，以確定癌癥中BRD4和MYC兩個轉錄因子的調節功能。發現BRD4作為RNA聚合酶II依賴性轉錄的共激活因子，在高劑量BETis藥物治療時被廣泛抑制。在觸發白血病選擇性效應的劑量下，BETis解除了包括MYC在內的一小部分超敏感靶點的調控。與BRD4相反，MYC主要作為選擇性轉錄激活因子控制代謝過程，如核糖體生物發生和新生嘌呤合成。該研究建立了一個簡單和可擴展的策略，以確定任何基因或途徑的直接轉錄目標。

圖1：BRD4的全局轉錄調控 BRD4的全局轉錄調控

圖2：劑量依賴性和對BETis反應的決定因素