環狀DNA簡介
游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被發現常常以環狀的形式存在，這種形式的DNA被稱為環狀DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也習慣將巨大的環狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA, 而將相對較小的環狀DNA稱為eccDNA。
傳統觀點認為真核基因組通常形成穩定的線性染色體。但**的研究表明：無論是在正常體細胞還是*細胞中，都存在大量染色體外環狀DNA。近日，Nature雜志上發表了顛覆性研究成果：在**中，主要的*基因轉錄本是直接來自于環狀DNA的，而環狀DNA的染色質是高度開放的，環狀DNA的*基因能夠大量表達，同時缺乏絲粒，導致不遵照孟德爾定律進行遺傳，這種特性使得環狀DNA是驅動**異質性的重要機制。由此可見，由于其結構和表達的特異性，環狀DNA可以影響細胞生命活動，促進**細胞演進和適應性進化，增加了基因組的可塑性和不穩定性。目前，環狀DNA不**可以作為一種新型特異的**標志物，還在**發**展機理研究中發揮著重大的潛在價值?？梢灶A見的是，環狀DNA將迅速成為新的科研熱點，甚至會對傳統遺傳學和基因組學帶來**性影響。

環狀DNA形成的機理

目前研究表明，環狀DNA是從染色體上斷裂、環化或者額外復制產生的序列，其剪切加工機理主要提出有兩種可能：（1）通過染色體異位同源重組環化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通過非同源染色體末端連接環化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。環狀DNA形成是一個復雜的過程，更多環化方式有待探索。

技術簡介
針對血清、血漿、尿液、腦脊液等微量的體液樣品，云序生物參考盧煜明教授團隊開發的方法，酶切去除線性DNA后，利用Tn5轉座酶，打開環狀DNA環狀結構并同時在DN**段兩端加上接頭，進行建庫及測序。Tn5轉座酶法效率高，損耗低，實現血液循環系統中微量的環狀DNA的檢測，雙端測序，上機測序數據量24G。并且本產品能保留環狀DNA的原始表達量，使得不同環狀DNA間的表達量的比較更為準確。并通過嚴謹的環狀DNA生信流程，實現了對環狀DNA準確的識別和詳細的基因注釋。

云序優勢

適用于微量體液樣品：
此法減少DNA損失，并保留原始表達量，不同環狀DNA間表達量比較更準確
專業的生物信息學分析：
專業的生物信息學團隊，開發了高效識別分析環狀DNA的算法，滿足客戶的各類深入數據分析需求。
一站式服務：
客戶只需提供血清、血漿、尿液、腦脊液等體液，云序生物為您完成從樣品準備、環狀DNA富集、文庫制備、上機測序到數據分析整套服務流程。

樣本要求
樣品類型：
血清、血漿、尿液、腦脊液。
樣品量：
血清、血漿：5mL
尿液：5-10mL
腦脊液: 5mL
樣品運輸及保存：
樣品干冰運輸。血漿需使用EDTA抗凝管（紫色蓋子抗凝管），勿用肝素管取樣。

數據分析（僅供展示  詳見demo報告）

1.環狀DNA注釋表格
測序后首先可以得到一個詳盡的環狀DNA注釋表格，列出每個樣品中檢測到的每個環狀DNA所在的染色體、坐標，長度，表達豐度，相關基因注釋, GO注釋，Pathway注釋等。

2.長度分布
對整體或單獨樣本中的環狀DNA的長度進行統計和展示。

3.組間共有和特有環狀DNA*
對不同分組**有和特有的環狀DNA個數的統計和展示。

4.環狀DNA差異表
不同的樣品分組間可以進行環狀DNA豐度的差異比較，通過差異倍數、p值、關聯基因篩選關鍵的環狀DNA。

5.差異環狀DNA聚類圖、散點圖、火山圖
展示不同樣品分組間環狀DNA的豐度差異。

6.差異環狀DNA所屬基因的功能分析
對環狀DNA或差異環狀DNA所屬基因進行GO功能和KEGG通路富集分析。

7.染色體分布*

對整體或單獨樣本中的環狀DNA在各染色體上的數量、密度進行統計和展示。

8.環狀DNA在基因組的分布*
環狀DNA在不同基因區域、重復序列元件區域分布。

9.聯合轉錄組關聯分析*
如果聯合全轉錄組測序，可以將環狀DNA與mRNA進行聯合分析尋找相關性。

案例1：母體血漿中染色體外環狀DNA的鑒定與特性分析
原文：Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm 
期刊：Proc Natl Acad Sci 影響因子：11.201
作者觀察到在孕婦的血漿中存在染色體外環狀DNA (環狀DNA)，并通過限制性內切酶和Tn5轉座酶處理后的改良的測序方法，在孕婦的血漿中鑒定出了環狀DNA分子。他們發現血漿的環狀DNA分子比線性的長，在這些環狀DNA分子中，胎兒來源的環狀DNA短于母體來源的環狀DNA。此外，環狀DNA的閉合圓形結構可能允許抗外切酶，因此這些分子比它們的線性對應物具有更高的穩定性。這些特性為環狀DNA的研究和生物標志物的開發提供了機會。