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技術簡介
ac4C RNA乙?;窃赗NA ac4C修飾酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶發生乙?;囊环N保守的化學修飾(N4-acetylcytidine)。早期研究發現該修飾存在于真核生物中絲氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上,導致Watson-Crick堿基熱穩定性增加,調控蛋白合成中的編碼準確性;近期研究發現ac4C分布在人類轉錄組中,大多數位點出現在編碼序列(CDS)內,并且通過改善的mRNA穩定性和翻譯促進靶基因表達。目前,ac4C RNA乙?;揎椬鳛橐活愋滦蚏NA修飾,是繼m6A修飾之后的又一表觀轉錄組學熱點和“超級潛力股”!
云序生物對ac4C RNA乙?;瘷z測手段為acRIP-Seq技術,技術原理如下: 將乙?;疪NA特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有乙?;揎椀钠芜M行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本只含有打斷的RNA片段,并不添加RNA乙?;禺愋钥贵w與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的乙?;蔚谋尘?。對比免疫共沉淀(IP)樣本和對照樣本(Input)中的序列片段,將RNA乙?;揎椢稽c定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中RNA乙?;潭燃皩NA表達水平的影響。
云序優勢
acRIP-seq的富集效率是決定數據質量的關鍵,云序生物acRIP-seq實驗采用預驗證的商業化抗體和精心優化的實驗流程,具有極高的效率和特異性。
分子全覆蓋
可全 面檢測mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多類RNA分子ac4C乙?;稽c。
可整合RNA乙?;瘮祿娃D錄組數據進行生物信息學關聯分析,揭示RNA乙?;瘜虮磉_調控的影響,深入挖掘RNA乙?;墓δ?。
案例解析圖注:ac4C的結構及Ac4C peak在mRNA中的特征分布情況
圖注:ac4C延長mRNA的半衰期,提高其穩定性
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