多組學聯合分析揭示前列腺ai新遺傳改變

圖示：65例前列腺ai組織和正常組織全基因組測序

2、全基因組測序和轉錄組測序聯合分析

此外，通過比較編碼區域的SNVs與對應的轉錄組測序數據，根據其表達模式，將這些突變基因分為四類，表達型，突變型，野生型和沉默型基因。通過整合全基因組和全轉錄組測序數據，發現125個基因融合，其中4個基因融合在本研究隊列中重現。其中中國前列腺患者ETS家族基因融合（6/65，9.2%）發生率明顯低于白種人，因此總結出ETS融合低發生率是亞洲前列腺患者的明顯的遺傳特征。作者不僅發現CHD1主要在中國男性中缺失，還發現CHD1缺失與ETS融合在白種人前列腺患者中是負相關的。

3、前列腺ai相關基因外顯子靶向測序

對145個前列腺腫 瘤組織和正常組織的293個前列腺ai相關的基因外顯子進行靶向測序，發現64個明顯突變的基因也出現在65例檢測隊列中。進一步聯合分析發現突變明顯的基因SPOP，TP53，ATM，PTEN和CTNNB1在中國男性和TCGA數據庫白種人患者中是共有的。并且，作者還發現盡管雄激 素受體并沒有明顯變化，但雄激 素受體上游調控基因在中國患者中的突變頻率相比白種人來說更高。

為了鑒定出前列腺ai相關基因的變化，作者還對DNA拷貝數變化進行評價。結果發現在大片缺失區域13q21.31-q21.33，相比其他變異，PCDH9是發生缺失頻率極高的基因，并且在同一腫 瘤組織中，PCDH9缺失與其表達下調相關性很高。接下來，作者通過各種體內外功能實驗，證實PCDH9在前列腺ai中可通過抑 制原ai基因和增強腫 瘤抑 制通路來發揮腫 瘤抑 制作用。

圖注：PCDH9缺失與其表達，前列腺ai的相關性分析

通過聯合全基因組測序數據和全轉錄組測序數據，作者發現除了前列腺ai相關通路如PI3K，RAS/RAF和AR信號通路基因變化之外，軸突引導通路相關基因也由于SNVs和SVs發生了明顯變化。在80%的腫 瘤中，腦信號蛋白通路基因如PLXNA1獲得/擴增，或缺失等也時有發生。作者進一步通過體內外實驗，證實PLXNA1擴增和過表達可促進前列腺腫 瘤的生長和發展，也預示更差的預后。