單細胞測序+組織測序：**的LncRNA表達譜

人類大腦被譽為是“進化的高杰作”，而新皮層（neocortex）被認為是人類高智能的源泉。加州大學研究團隊在人類新皮層的發育過程中，對長非編碼RNA（lncRNA）進行了單細胞分析。他們在2016年4月14日的Genome Biology雜志上發表文章指出，lncRNA在新皮層特定細胞中起到了重要的作用。該雜志還同時刊發了華裔牛人Howard Y. Chang為這項研究成果撰寫的點評。

長非編碼RNA（lncRNA）是一些長度超過二百個核苷酸的RNA分子，來自于基因組的非編碼區域。雖然lncRNA沒有編碼任何蛋白質，但它們在不同組織和發育階段的表達依然具有特異性，這說明lncRNA具有重要的生物學意義。多項研究都已經發現大腦中lncRNA的表達存在分區特異性，整體上明顯低于mRNA表達水平。然而，lncRNA在腦內細胞水平上的表達譜是否與組織水平的表達相似，這還未曾被報導過。

研究人員收集不同發育階段的人類新皮層樣本，通過lncRNA測序研究其中的lncRNA。與此同時，他們選取了不同發育階段的腦皮層細胞，進行了約數百個皮層細胞的單細胞轉錄組測序。研究顯示，與大部分研究結果相似，lncRNA在組織中的總體水平比較低。但單細胞測序結果顯示，在某些細胞中lncRNA高豐度表達。這說明lncRNA在特定新皮層細胞中承擔了重要的功能。

利用相應的生物信息學手段，研究人員將轉錄組測序和單細胞測序結果關聯分析，發現雖然lncRNA在不同的細胞中表達存在特異性，但將相關的單細胞測序結果結合在一起，能夠得到與組織測序類似的結果，即單細胞水平高表達而整體水平低表達。進一步分析顯示，這些lncRNA的表達呈現細胞特異性。在由不同亞細胞群組成的組織中，相比mRNA，lncRNA的表達水平更加離散分布，暗示著lncRNA在腦發育時期可能發揮重要的作用。

研究人員對這類lncRNA進行初步的功能研究。以lncRNA LOC646329為例，它在新皮層中含量較少，但在放射狀膠質細胞含量豐富。研究人員通過CRISPRi敲低LOC646329，發現這種lncRNA調控了細胞增殖。這項研究為人們展示了lncRNA在新皮層細胞中的特異性表達，可以據此對神經細胞分型，有助于進一步了解lncRNA的生物學功能。

原文：

Siyuan John Liu，Tomasz J. Nowakowski，Alex A. Pollen，et al.Single-cell analysis of long non-coding RNAs in the developing human neocortex. Genome Biology. 2016, 17-67

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