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鈷(Co)是一種銀灰色的延展性金屬元素,廣泛應用于航空航天工業、陶瓷著色、清漆干燥劑、人造合金假體和鋰離子電池。其中,人工鈷合金假體通過環境、職業或內源性釋放暴露鈷已成為與健康風險相關的全球環境問題。越來越多的證據表明,鈷是阿爾茨海默病(AD)等神經退行性疾病的危險因素。長期接觸鈷也會導致神經退行性損傷。同時,m6A在****系統(CNS)的發育和功能中起著關鍵作用,m6A mRNA甲基化異??赡芘c腦損傷和神經退行性疾病有關。之前的研究表明,CoCl2暴露可以改變H4細胞和C57BL/6小鼠基因的m6A修飾,引發神經毒性。然而,m6A修飾異常在鈷誘導的神經系統損傷中的作用需要進一步研究。
云序客戶福建醫科大學李煌元團隊利用m6A-MeRIP-seq(云序生物)等技術發現m6A去甲基化酶ALKBH5可能是預防或**鈷致神經退行性疾病的潛在靶點,該研究促進了對環境毒物致病機制中m6A修飾的更好理解,為環境危險因素導致的神經退行性疾病提供了新的預防和**策略。文章發表在Science of the Total Environment(IF:9.8)上,標題為:《The deficiency of N6-methyladenosine demethylase ALKBH5 enhances the neurodegenerative damage induced by cobalt》。
發表期刊:Science of the Total Environment
影響因子:9.8/Q1
發表時間:2023年7月10日
期刊ISSN:0048-9697
研究方法:m6A-MeRIP-seq、MeRIP-qPCR等
(1)CoCl2和ALKBH5會引起基因的m6A修飾改變
研究者通過qPCR檢測CoCl2處理的人膠質瘤H4細胞系中PSEN1、BACE1、TAU和APP等神經退行性損傷相關基因的mRNA水平發現,CoCl2暴露**上調了細胞中神經退行性損傷相關基因的mRNA水平,指示CoCl2會引起神經退行性損傷。為了進一步探討m6A修飾異常在鈷誘導的神經系統損傷中的作用,研究者對髖關節置換術患者血漿中的Co濃度和ALKBH5表達水平進行了檢測。Western blotting結果發現,與對照組相比,髖關節置換術患者組血漿中鈷濃度較高,ALKBH5表達水平較低;在暴露于CoCl2后,兩組的ALKBH5的表達均下降。接著,研究者對ALKBH5基因敲低和過表達組分別通過比色法檢測m6A RNA甲基化水平發現,CoCl2處理后,m6A RNA甲基化水平降低,且在H4細胞中,ALKBH5敲低時,m6A RNA甲基化水平升高,ALKBH5過表達時,m6A RNA甲基化水平降低。這些結果表明ALKBH5參與了鈷誘導的m6A mRNA甲基化失衡的過程。
(2)ALKBH5敲除和CoCl2暴露誘導的m6A修飾水平變化的聯合分析
將ALKBH5干擾組與CoCl2暴露組的m6A-MeRIP-seq 結果作聯合分析(云序生物提供)發現,1017個基因在兩組間發生高甲基化,1081個基因在兩組間發生低甲基化。對差異甲基化基因的分析顯示,高甲基化和低甲基化基因都在神經退行性疾病中富集。其中,KEGG通路分析顯示,高甲基化基因與細胞凋亡和自噬有關;低甲基化基因與調節細胞增殖和凋亡的Hippo信號通路有關。GO分析表明,低甲基化和高甲基化轉錄物的富集參與了重要的過程,如轉錄調節、金屬離子結合和蛋白質結合。這些結果表明,ALKBH5的下調可能通過調節細胞增殖、凋亡和自噬在鈷誘導的神經細胞損傷中發揮關鍵作用。
(3)ALKBH5對CoCl2誘導的體外神經細胞損傷的影響
為了研究ALKBH5的功能作用,研究人員檢測了CoCl2誘導的shALKBH5(ALKBH敲低細胞株)和oeALKBH5(ALKBH5過表達細胞株)的細胞活力、增殖、凋亡和自噬。結果發現,CoCl2的處理及濃度的增加會導致細胞活力下降、處于S期的細胞減少,且細胞發生凋亡,敲除ALKBH5基因加劇了CoCl2對細胞的影響,而過表達ALKBH5基因則減輕了CoCl2對細胞活力和細胞增殖及凋亡的影響。
(4)ALKBH5對CoCl2誘導的體內神經細胞損傷的影響
進一步研究ALKBH5在體內CoCl2誘導的神經細胞損傷中的功能作用,采用剛果紅染色、免疫組織化學和western blot分析觀察了不同處理組的小鼠的大腦海馬神經元形態學變化。結果發現,ALKBH5基因敲除組和慢性CoCl2暴露組與野生型小鼠組相比,神經原纖維纏結增加。組織化學結果顯示,敲除ALKBH5組或暴露于CoCl2也促進了Tau和P-Tau的表達,這兩種蛋白被認為是重要的AD相關蛋白。Western blotting結果顯示,慢性暴露于CoCl2后,海馬組織中APP和P-Tau的表達上調。當小鼠暴露于CoCl2時,敲除ALKBH5增強了APP表達量的增加,但降低了P-Tau的增加。Tau蛋白的表達在各組之間沒有**差異。
★ 體外實驗結果表明,ALKBH5表達的降低可通過降低細胞活力、促進細胞凋亡、減弱自噬等方式加重鈷誘導的神經細胞損傷。
★ 體內實驗結果一致表明,敲除ALKBH5會加劇Tau蛋白的磷酸化,促進大腦皮層纏結的形成,從而加重鈷引起的病理損傷。
★ 臨床觀察發現,髖關節置換術患者血液中ALKBH5下調,血鈷水平明顯升高。
以上結果表明,鈷下調了m6A去甲基化轉移酶ALKBH5的表達,m6A去甲基化轉移酶ALKBH5可能是預防或**鈷致神經退行性疾病的潛在靶點。
01 m6A RNA修飾測序
對m6A RNA甲基化,目前***的檢測手段為m6A-MeRIP-Seq技術,適用于m6A RNA甲基化譜研究,快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序:
m6A 全轉錄組測序(涵蓋mRNA,LncRNA,circRNA)
m6A LncRNA測序(涵蓋LncRNA和mRNA)
m6A pri-miRNA測序(涵蓋pri-miRNA和mRNA)
m6A mRNA測序
m6A 環狀RNA測序
m6A rRNA測序
02檢測整體m6A RNA修飾水平
快速檢測m6A整體甲基化水平
03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
尋找上游直接調控m6A RNA甲基化的甲基轉移酶。
04 m6A RNA修飾靶基因驗證
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務,可針對mRNA,lncRNA,環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測,低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
05 機制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR/GenSeq? RIP試劑盒
篩選或驗證RNA修飾直接靶點,研究RNA修飾靶基因的調控機制。
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白,研究相應的分子調控機制。
5.3 ChIP-seq
篩選或驗證目標蛋白與DNA互作,研究相應的分子調控機制。
06 翻譯組
檢測轉錄本上核糖體的分布和翻譯活性,了解蛋白質表達情況以及翻譯過程。
優勢一:云序累計支持客戶發表 100+篇RNA修飾SCI論文,合計影響因子 1000+。
優勢二:累計完成上萬例 RNA甲基化測序樣本,**覆蓋醫口、農口等各類樣本。
優勢三:**檢測mRNA和各類非編碼RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
優勢四:提供m6A一站式服務:m6A RNA修飾整體水平檢測、m6A測序、MeRIP-qPCR驗證、RIP和RNA pull-down、Ribo-seq、CHIP-seq等技術服務。
優勢五:率先研發超微量MeRIP測序技術,RNA量低至500ng起。
優勢六:國內較全的RNA修飾測序平臺,提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙?;?'-O-甲基化測序。
RIP測序
m6A RNA修飾文章往期回顧
1區,IF=27| 云序m6A MeRIP-seq助力鱗狀細胞*機制研究!
用戶文章 1區 lncRNA m6A甲基化測序助力人脂肪干細胞成骨分化的調控機制研究
客戶文章|1區,IF=9.995|m6A甲基化測序助力宮頸*相關HPV病毒研究
用戶文章IF=19.568|m5C修飾測序助力NSUN2調控病毒I型干擾素反應的機制研究
Nature 新發現:線粒體 m5C 修飾竟是**轉移的元兇!
用戶文章IF=14.9 1區:ac4C乙?;{節人胚胎干細胞的自我更新
云序用戶農口IF20+論文:植物mRNA存在ac4C新型修飾,對RNA穩定性及翻譯產生重要影響
用戶文章:m7G 甲基化參與調節心肌細胞增殖|新型RNA修飾研究
云序用戶植物文章6連發:植物當中各類RNA甲基化測序該怎么發?
慶祝云序用戶m1A、m6A、m5C RNA甲基化測序文章三連發
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