捷報頻傳，雞的環狀RNA研究成果問世！

摘要：

作為明星分子，環狀RNA的熱度與日俱增。環狀RNA到底火到了什么程度？從云序客戶捷報頻傳﹑研究成果不斷就可見一斑：繼全世界**斑馬魚環狀RNA和**篇小麥環狀RNA文章相繼問世后，*****雞的環狀RNA文章又新鮮出爐了！華南農業大學動物科學學院謝青梅教授領銜的研究團隊大規模揭示了與禽類白血病相關的環狀RNA，并對環狀RNA的功能進行了初步的探索和預測，為揭示禽類白血病病 毒的感 染和免疫機制提供了新的視角。

致ai逆轉錄病 毒禽類白血病病 毒（ALV-J）能夠感 染雞并使其患有傳染病，進而導致產蛋量的減少，嚴重降低家禽業的收益。被ALV-J感 染的雞通常會產生免疫低下的現象，并伴隨著多種腫 瘤的發生，包括血管瘤、髓細胞瘤和白血病等，從而導致死亡率上升。目前針對ALV-J尚沒有有效的疫苗，那么深入了解對ALV-J先天免疫的雞尤為重要。本文通過云序生物提供的一站式環狀RNA服務于全世界進行了雞環狀RNA表達譜的構建，深入挖掘了ALV-J感 染和ALV-J先天免疫的雞體內環狀RNA差異表達的信息，為后續研究環狀RNA的生物學功能奠定了基礎。

研究思路和技術路線

1.環狀RNA測序，高通量篩選感 染相關環狀RNA

為了**檢測雞中環狀RNA的表達情況，研究人員分別對禽類白血病 毒（ALV-J）感 染的雞和對ALV-J先天免疫的雞進行環狀RNA測序，共發現1800條環狀RNA。接下來，研究人員系統分析了不同樣本之間環狀RNA的表達情況，發現32條環狀RNA差異表達，這暗示著這些環狀RNA可能在病 毒感 染過程中發揮作用。

2.環狀RNA定量PCR，ALV-J感 染相關環狀RNA的表達驗證

為了驗證測序結果的準確性，研究人員隨機選取了4條差異表達的環狀RNA，利用“divergent primers”進行環狀RNA定量PCR檢測。環狀RNA的表達都能夠被定量PCR實驗檢測到，并且定量PCR結果與測序結果趨勢一致，表明環狀RNA測序結果準確性非常高。

圖注：差異表達環狀RNA 定量PCR驗證。左：環狀RNA測序結果；右：定量PCR結果

3.生物信息學分析，ALV-J感 染相關環狀RNA的功能預測

2013年兩篇Nature文章揭示環狀RNA具有miRNA海綿的功能，它可以吸附miRNA來調節相關基因的表達。研究人員對病 毒感 染組中12條表達上調的環狀RNA進行靶miRNA的結合預測，并在此基礎上進一步預測miRNA靶基因的功能。通過GO分析和KEGG 信號通路分析，發現這些miRNA的靶基因主要參與免疫過程和mTOR信號通路。這暗示著差異表達環狀RNA通過miRNA海綿機制在病 毒感 染過程中發揮作用。

圖注：表達上調環狀RNA吸附的miRNA的靶基因GO分析和信號通路分析

隨后，針對靶miRNA預測結果，研究人員發現環狀RNA本身具有多個miRNA結合位點。作者選取了3個表達上調的環狀RNA，在此基礎上構建出circRNA-miRNA-mRNA網絡圖，直觀展示了差異表達環狀RNA通過miRNA海綿機制可能調控的基因，為后續環狀RNA的功能研究提供廣闊的思路。

圖注：環狀RNA-miRNA-mRNA網絡互作圖

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