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摘要:
作為一種普遍存在于各類真核生物中的新型非編碼RNA,環狀RNA逐漸成為了當下熱門的明星分子。由于環狀RNA研究剛剛起步,已經進行過環狀RNA研究的物種數量還非常有限。因此,對新物種的環狀RNA表達譜進行系統性研究就成為了發表SCI文章的一條捷徑。云序生物客戶發表的這項成果是全世界首篇對小麥環狀RNA進行系統性研究的文章,也為廣大研究人員提供了一個非常好的模板,即:如何簡單地通過環狀RNA測序,環狀RNA定量PCR和生物信息學分析,在不進行功能和分子機制研究的情況下,短平快的發表一篇影響因子不錯的文章,非常具有借鑒意義。
環狀RNA是一種新型的非編碼RNA分子,是繼miRNA和長鏈非編碼RNA之后,近兩年來熱門的明星分子。隨著測序技術與生物信息學分析手段的高速發展,研究者們對這種明星分子有了空前的認識。環狀RNA以其獨特的反式剪接方式形成,普遍存在于多種生物體內,并在ai癥、心血管疾病和神經退行性疾病等多種人類重大疾病發揮重要的調控作用。
利用高通量測序手段,研究者們在擬南芥、小鼠、果蠅和人體內都發現了環狀RNA的高度表達,證明了環狀RNA在不同物種中普遍存在。然而,由于環狀RNA的研究剛剛起步,絕大多數物種中的環狀RNA還沒有被研究,環狀RNA數據庫circBase中已收錄的物種*有7個。作為一種重要的農作物,小麥的環狀RNA尚未見報道。本文通過云序生物提供的一站式環狀RNA測序,環狀RNA定量PCR和生物信息學服務于全世界進行了小麥環狀RNA表達譜的構建,為后續研究植物環狀RNA的生物學功能奠定了基礎。
實驗三部曲:
1.環狀RNA測序
為了**檢測小麥中環狀RNA的表達情況,研究人員分別對PEG和水處理后的小麥幼苗葉子進行環狀RNA測序,共發現了88條環狀RNA。通過對環狀RNA的基因組來源進行分析,發現環狀RNA可分為5類,其中基因間(intragenic)產生的環狀RNA占大多數。接下來,研究人員系統分析了不同樣本之間環狀RNA的表達情況,發現62條環狀RNA差異表達,這暗示著這些環狀RNA可能在脫水應激中發揮作用。
2.環狀RNA定量PCR
為了**檢測小麥中環狀RNA的表達情況,研究人員分別對PEG和水處理后的小麥幼苗葉子進行環狀RNA測序,共發現了88條環狀RNA。通過對環狀RNA的基因組來源進行分析,發現環狀RNA可分為5類,其中基因間(intragenic)產生的環狀RNA占大多數。接下來,研究人員系統分析了不同樣本之間環狀RNA的表達情況,發現62條環狀RNA差異表達,這暗示著這些環狀RNA可能在脫水應激中發揮作用。
3.生物信息學分析
研究指出,環狀RNA能夠調控來源基因的表達。為了進一步了解小麥差異表達環狀RNA的功能,研究人員對它們的來源基因進行GO(Gene Ontology)分析。結果顯示在脫水作用下,差異表達的環狀RNA的來源基因可能在不同的生物進程和分子功能方面發揮作用。
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