云序用戶植物文章6連發：植物當中各類RNA甲基化測序該怎么發 ?

RNA修飾**存在于多種物種當中，包括各類動物、植物和微生物。盡管RNA修飾在植物中同樣普遍存在，但是相對于動物的研究，目前對植物中RNA修飾的研究論文總數相對較少。然而，RNA修飾在植物當中同樣是不可或缺的，我們需要對植物中RNA修飾的類型、特征和功能進行更為深入的研究，以揭示RNA修飾在植物生長和發育以及環境適應等方面所起的重要作用，從而更好地理解植物在應對周圍環境變化時的生理和分子調控機制。此外，解析植物中RNA修飾機制也可以為應對植物傳染病、開發新型農作物品種等提供新思路和技術手段。
基于這樣的背景，植物RNA修飾研究也逐漸受到了越來越多的關注，目前已經有不少專注于植物RNA修飾的研究團隊和專業學者在此方面開展的深入研究和探索，這其中就包括一些云序生物的合作客戶。這些發表在 SCI 期刊上的植物 RNA 修飾研究成果，涉及許多不同的物種和 RNA 修飾類型。在研究物種方面，既有常見的擬南芥、水稻等模式生物，也有較為特殊的矮牽牛、梨、番茄、黃瓜、南瓜這樣的經濟作物。在 RNA 修飾類型方面，既有常見的m6A、m5C，也有其它一些較為罕見的類型，如m1A、ac4C、m7G、m6Am、O8G、2’-O-甲基化修飾等等，這些都是潛在的新研究課題。
此外，將 RNA 修飾測序與其它高通量測序進行多組學聯合分析也是值得推薦的研究思路。這些可以結合的對象包括轉錄組測序、DNA修飾測序、組蛋白修飾ChIP 測序等，用以進一步找出多組學共調控的基因，為揭示特定基因 RNA 修飾的功能提供新的思路。

這里我們展示6篇云序生物提供服務的植物樣品 RNA 修飾測序研究的文章，給各位老師提供可供參考借鑒的思路。

1、 擬南芥 RNA m5C 修飾調控 H3K27me3 組蛋白修飾相關的營養發育

論文標題：RNA 5-Methylcytosine Modification Regulates Vegetative Development Associated with H3K27 Trimethylation in Arabidopsis
發表期刊：Advanced Science
影響因子：17.521
發表時間：2022.11.16
實驗物種：擬南芥
實驗方法：m5C MeRIP-seq , mRNA-seq, ChIP-seq
此項研究由中國農業科學院生物技術研究所普莉課題組完成。該課題組利用m5C MeRIP-seq 和  mRNA-seq（由云序提供）技術對擬南芥幼苗中mRNA 的 m5C修飾進行分析，結合組蛋白 H3K27me3 甲基化修飾 ChIP-seq 的分析結果，作者發現 mRNA m5C 修飾富集于組蛋白 H3K27me3 低修飾區?？偟膩碚f，這項研究**揭示了真核生物中RNA m5C修飾和組蛋白修飾共同調控基因表達的表觀遺傳機制。

 2、水稻在鹽脅迫條件下的組織特異性 RNA m6A 修飾特征

論文標題：Global N6-Methyladenosine Profiling Revealed the Tissue-Specific Epitranscriptomic Regulation of Rice Responses to Salt Stress
發表期刊：International Journal of Molecular Sciences
影響因子：6.208
發表時間：2022.02.14
實驗物種：水稻
實驗方法:  m6A MeRIP-seq, mRNA-seq
此研究由云序生物合作客戶中國農業科學院作物科學研究所的王銀曉等人完成。該課題組利用m6A MeRIP-seq&mRNA-seq（由云序提供）技術，對水稻芽和根樣品在鹽脅迫和對照條件下的 m6A 修飾譜進行了分析。該研究發現，鹽脅迫**增加了芽的m6A甲基化，且在芽和根中發現了差異性m6A位點，其中存在編碼轉錄因子、抗氧化劑和生長素響應蛋白的基因*在鹽脅迫下的芽或根中增加或降低m6A甲基化水平。在鹽脅迫條件下，m6A變化調控植物生長、應答脅迫和離子轉運的基因表達。這些發現有助于闡明m6A修飾對水稻鹽耐性的調控作用。

3、番茄 RNA m5C 修飾及 DNA 5mC 修飾與番茄果實成熟度之間的關系

論文標題：DNA and coding/non-coding RNA methylation analysis provide insights into tomato fruit ripening
發表期刊：The Plant Journal
影響因子：7.901
實驗物種：番茄（Alisa Craig Tomatoes）
發表時間：2022.08.05
實驗方法:  5mC MeDIP-seq, m5C MeRIP-seq, 全轉錄組測序
此研究由云序生物合作客戶北京農林科學院左進華課題組完成。該課題組利用 5mC MeDIP-seq, m5C MeRIP-seq, 全轉錄組測序 （由云序提供）技術對番茄果實中 DNA 的 5mC 修飾以及 RNA 的 m5C 修飾進行**分析。在Nr突變體中，作者發現了多個與果實成熟有關的m5C修飾mRNA，其中包括編碼WRKY和MADS-box蛋白的mRNA；除此之外，作者還發現了多個差異m5C修飾的lncRNA和環狀RNA的靶點。多組合聯合分析更發現了多個共調控的編碼轉錄因子和與乙烯生物合成和信號轉導相關的關鍵酶。這些發現為改善果實的成熟質量以及提高果實貯藏性等方面提供了參考。

 4、葫蘆科植物 mRNA m6A、m5C 甲基化數據庫

論文標題：CUCUME: An RNA methylation database integrating systemic mRNAs signals, GWAS and QTL genetic regulation and epigenetics in different tissues of Cucurbitaceae
發表期刊：Computational and Structural Biotechnology Journal
影響因子：6.155
發表時間：2023.01.21
實驗物種：黃瓜（Cucumis sativus L.）和南瓜（Cucurbita moschata）
網站鏈接：Cucume 數據庫 
實驗方法:   m6A MeRIP-seq, m5C MeRIP-seq, 全轉錄組測序
此研究由云序生物合作客戶中國農業大學張文娜課題組完成。該課題組利用m6A MeRIP-seq, m5C MeRIP-seq,以及 全轉錄組測序（由云序提供）技術對黃瓜和南瓜組織以及維管滲出液進行了**的 m6A 和 m5C 修飾檢測，并將全基因組關聯分析（GWAS）和定量性狀位點（QTL）結果整合為一個公開的在線數據庫。這是**葫蘆科植物的 RNA 甲基化數據庫，有助于進一步了解RNA甲基化對于RNA在植物體內的移動性和QTL中的作用。

    
5、矮牽牛RNA m1A修飾促進生長發育

論文標題：The N1-Methyladenosine Methylome of Petunia mRNA
發表期刊：Plant Physiology
影響因子：8.005
發表時間：2020.05.27
實驗物種：矮牽牛（Petunia hybrida）
實驗方法:   m1A MeRIP-seq, 全轉錄組測序
此研究由云序生物合作客戶華南農業大學余義勛課題組完成。該課題組利用m1A MeRIP-seq&全轉錄組測序（由云序提供）技術對矮牽?；ò曛衜1A修飾的RNA進行全轉錄組分析，發現乙烯處理降低了花瓣mRNA m1A峰的水平。另外還發現矮牽牛tRNA特異性甲基轉移酶61A (PhTRMT61A)的沉默降低了體內和體外mRNA的m1A水平，定位于細胞核內的PhTRMT61A被抑制會導致葉片發育異常。這些研究結果顯示RNA m1A修飾可以作為表觀轉錄組調控機制并在植物生長發育中起著重要作用。

6、梨的 RNA m6A 修飾在火疫病相應當中的作用

論文標題：Multi-Omics Analysis Reveals the Dynamic Changes of RNA N6-Methyladenosine in Pear (Pyrus bretschneideri) Defense Responses to Erwinia amylovora Pathogen Infection
發表期刊：Frontiers in Microbiology
影響因子：6.064
發表時間：2022.02.10
實驗物種：梨（Pyrus bretschneideri）
實驗方法:   m6A MeRIP-seq, 全轉錄組測序
此研究由云序生物合作客戶南京農業大學張紹鈴課題組完成。該課題組利用m6A MeRIP-seq和全轉錄組測序（由云序提供） 技術對火疫病的病原菌 Erwinia amylovora **組和未**組的梨組織培養小苗（Tissue-cultured plantlets）進行分析，評估了梨在響應 Erwinia amylovora **時的轉錄水平和轉錄后修飾的變化。在**組中檢測到2,935個特異的m6A位點，這些位點可能增加防御相關轉錄本的豐度，從而增強梨對火疫病的抵抗力。該研究還發現，m6A甲基化的程度與轉錄本水平呈**正相關，這表明m6A在植物響應中扮演了調節作用。這些發現有助于加深人們對m6A修飾調控植物響應機制的認識，為探索梨及其他水果作物的防病途徑和改良傳統育種提供了新的方向和方法。

云序客戶植物樣品 RNA 修飾研究論文

優勢一：云序累計支持客戶發表 100 + 篇RNA修飾SCI論文，合計影響因子近 1000 分
優勢二：累計完成數千例 RNA甲基化測序樣本，**覆蓋醫口、農口等各類樣本。
優勢三：**檢測mRNA和各類非編碼RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
優勢四：提供多種修飾一站式服務：m6A整體水平檢測、m6A測序、MeRIP-qPCR驗證、RIP和RNA pull-down等。
優勢五：率先研發超微量MeRIP測序技術，RNA量低至500ng起。
優勢六：**的RNA修飾測序平臺，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙?；?'-O-甲基化測序。

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