隨著RNA修飾在生物領域的持續火熱，關于m6A修飾的研究已經**開展并發表，而除了m6A以外仍有多種RNA修飾類型參與調控轉錄后的基因表達，其中包括m1A、m5C等，在這些領域的研究中也不斷有高分文章的出現。
近日，云序客戶天津醫科大學總醫院馮世慶教授團隊構建糖氧剝奪/再氧合（OGD/R）模型，進行了m6A、m5C 和m1A RNA甲基化的測序，對原發性神經元進行了研究。這里我們收集整理了這3篇云序生物提供服務的甲基化測序研究的文章，累積影響因子高達18.346，帶領大家掌握常規性表達譜分析思路，給各位老師一個充分利用測序數據的思路。

發表雜志：eLife
影響因子：8.713（Q1)
發表時間：2023年3月7日
所用方法：全轉錄組 m1A MeRIP-seq、miRNA-seq

文章鏈接：The landscape of m1A modification and its posttranscriptional regulatory functions in primary neurons

m1 A修飾在轉錄組中的分布在神經系統中是未知的，特別是在重要的成分神經元中。作者利用m1A RNA免疫沉淀測序（MeRIP-seq），以闡明初級神經元和OGD/R處理的神經元中的m1 A轉錄組景觀。展示了正常神經元和OGD/R處理的神經元中三種RNA（mRNA、lncRNAs和環狀RNA）上的m1 A修飾。之后，作者比較了兩組樣品mRNA 上的m1A修飾水平，發現OGD/R處理后m1 A修飾的數量都有所增加。而對于lncRNAs，除了探索m1 A修飾的基本特征外，作者還發現了兩個重要的發生m1 A修飾的lncRNAs：Meg3和Neat1，它們可能與lncRNA-RNA結合蛋白(RBPs)相關，并能在mRNA代謝的調控中發揮重要作用。此外，作者發現神經元中約有3000個發生m1A修飾的 circRNA，它們在神經系統中發揮作用。App和Foxo5等環狀RNA上的m1 A修飾可能參與了環狀RNA的翻譯機制。作者還探討了發生m1A修飾的各類RNA（環狀RNA、lncRNAs和mRNAs）之間的潛在關聯，發現存在兩種不同的復雜調控網絡。隨后，結合miRNA測序結果，作者發現了多個miRNA-mRNA對，并利用雙熒光素酶實驗證實了mRNA 3′UTRs區上的m1 A修飾影響了miRNA與mRNA的結合。這些受m1 A修飾影響的基因（Rbfox3和Arid1a）與神經發育和分化有關，未受影響的基因（Grin2d為Wdtc1）主要與更**的細胞功能有關。

發表雜志：Epigenetics
影響因子：4.861（Q1)
發表時間：2022年12月18日
所用方法：全轉錄組 m6A MeRIP-seq、RNA-seq
文章鏈接：Crosstalk between m6A mRNAs and m6A circRNAs and the time-specific biogenesis of m6A circRNAs after OGD/R in primary neurons

m6A修飾是轉錄組RNA水平上*豐富的修飾之一。但是，關于神經元中m6A修飾知之甚少。作者利用生物信息學對正常神經元和OGD/R處理神經元的兩組MeRIP-seq和RNA-seq數據進行分析，并結合MeRIP qPCR定量m6A修飾在特定RNA上的修飾水平,在文章中展示了正常和OGD/R處理的神經元的mRNA和環狀RNA轉錄組的m6A修飾譜。分析結果顯示，m6A修飾水平不影響mRNA和circRNA的表達。此外，作者還發現發生m6A修飾的 mRNA和circRNA之間的聯系，并確定了神經元中發生m6A修飾的 circRNA產生的三種模式，并且不同的OGD/R處理條件能誘導不同的環狀RNA修飾水平。這些結果為與OGD/R病理過程相關的疾病的潛在**提供了表觀遺傳學證據。

發表雜志：Front Genet
影響因子：4.772（Q1)
發表時間：2021年2月3日
所用方法：  m5C BS-seq、MeRIP-qPCR
文章鏈接：Alteration of mRNA 5-Methylcytosine Modification in Neurons After OGD/R and Potential Roles in Cell Stress Response and Apoptosis
m5C修飾作為一種**存在的轉錄后RNA修飾，其在腦缺血-再灌注損傷（IRI）中的作用尚不明確。在這篇文章中，作者成功構建了一個OGD/R模型，并利用  m5C BS-seq獲得了m5C的修飾譜。研究發現，神經元m5C修飾的分布高度保守，**富集在CG區，并集中在mRNA翻譯起始區。OGD/R組中m5C修飾水平更高，而甲基化mRNA基因數量減少。除rbm3結合蛋白外，m5C位點與大多數RNA結合蛋白的結合位點的重疊量**增加。文章還發現神經元中的甲基化修飾水平高的基因在病理過程中**富集，通過蛋白相互作用網絡鑒定出的甲基化修飾水平高的基因RPL8和RPS9與腦損傷**相關。此外，具有甲基化修飾水平高的上調轉錄本在參與應激反應和凋亡調控的過程中富集，而這些過程在甲基化修飾水平低的轉錄本中未被發現。**，文章通過 TUNEL和免疫印跡實驗驗證了OGD/R在體外誘導的神經元凋亡。文章發現了與神經元糖氧剝奪/再氧合相關的新型m5C mRNA，為進一步研究RNA甲基化在大腦IRI中的作用提供了有價值的前景。

聯合m6A、m5C和 m1A RNA甲基化的測序，文章對原發性神經元進行了研究，展示了神經元及原發性神經元的不同修飾譜學，進一步深度挖掘不同分子的RNA修飾機制。

云序生物m1A甲基化研究五大模塊

01 m1A RNA甲基化測序
m1A RNA甲基化測序（m1A-seq）
對m1A RNA甲基化，目前***的檢測手段為m1A-Seq技術，適用于m1A RNA甲基化譜研究，快速篩選m1A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m1AC測序：

• m1A 全轉錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）

• m1A LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）

• m1A Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）

• m1A mRNA測序

02 檢測整體m1A RNA甲基化水平
LC-MS/MS檢測整體RNA甲基化水平
**高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
03  m1A RNA修飾上游酶的篩選
m1A RNA修飾相關酶PCR芯片
尋找上游直接調控m1A RNA甲基化的甲基轉移酶。
04 m1A RNA甲基化靶基因驗證
meRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。

01 m6A RNA修飾測序
m6A RNA修飾測序（m6A-meRIP-seq）
對m6A RNA甲基化，目前***的檢測手段為m6A-MeRIP-Seq技術，適用于m6A RNA甲基化譜研究，快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序：

• m6A 全轉錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）

• m6A  LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）

• m6A  Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）

• m6A  mRNA測序

• m6A  miRNA測序

02 檢測整體m6A RNA修飾水平
LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
**高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
比色法檢測整體RNA修飾水平
快速檢測m6A整體甲基化水平
03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
m6A RNA修飾相關酶PCR芯片
尋找上游直接調控m6A RNA甲基化的甲基轉移酶。
04 m6A RNA修飾靶基因驗證

MeRIP-qPCR/GenSeq® MeRIP試劑盒

云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務以及銷售GenSeq® MeRIP試劑盒，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。

01 m5C RNA甲基化測序
m5C RNA甲基化測序（m5C-seq）
對m5C RNA甲基化，目前***的檢測手段為m5C-Seq技術，適用于m5C RNA甲基化譜研究，快速篩選m5C RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m5C測序：

• m5C 全轉錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）

• m5C LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）

• m5C Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）

• m5C mRNA測序

02 檢測整體m5CRNA甲基化水平
LC-MS/MS檢測整體RNA甲基化水平
**高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
03 m5C RNA甲基化上游酶的篩選
m5C RNA甲基化相關酶PCR芯片
尋找上游直接調控m5C RNA甲基化的甲基轉移酶。
04 m5C RNA甲基化靶基因驗證
meRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。

機制互作研究

1.RIP-seq/qPCR/GenSeq® RIP試劑盒

篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調控機制。

2. RNA pull down -MS/WB
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白，研究相應的分子調控機制。
3.  ChIP-seq
篩選或驗證目標蛋白與DNA互作，研究相應的分子調控機制。

優勢一：云序累計支持客戶發表 100 + 篇RNA修飾SCI論文，合計影響因子 960  +
優勢二：累計完成數千例 RNA甲基化測序樣本，**覆蓋醫口、農口等各類樣本。
優勢三：**檢測mRNA和各類非編碼RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
優勢四：提供多種修飾一站式服務：m6A整體水平檢測、m6A測序、MeRIP-qPCR驗證、RIP和RNA pull-down等。
優勢五：率先研發超微量MeRIP測序技術，RNA量低至500ng起。
優勢六：國內較全的RNA修飾測序平臺，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙?；?'-O-甲基化測序。

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