熱烈祝賀云序客戶發表*****斑馬魚環狀RNA研究成果

導讀：

環狀RNA是一種特殊的非編碼RNA分子，是繼miRNA和長鏈非編碼RNA之后 ，近兩年來熱門的明星分子。隨著測序技術與生物信息學分析手段的高速發展，研究者們對這種明星分子有了空前的認識。 環狀RNA以其獨特的反式剪接方式形成，存在于多種生物體內，并在ai癥、心血管疾病和神經退行性疾病等多種人類重大疾病發揮重要的調控作用。

利用高通量測序手段，研究者們在擬南芥、小鼠、果蠅和人體內都發現了環狀RNA的高度表達，證明了環狀RNA在不同物種中存在。然而，由于環狀RNA的研究剛剛起步，絕大多數物種中的環狀RNA還沒有被研究，環狀RNA數據庫circBase中已收錄的物種*有7個。作為一種重要的模式生物，斑馬魚的環狀RNA尚未見報道。本文通過云序生物提供的環狀RNA測序和生物信息學服務于全世界進行了斑馬魚環狀RNA表達譜的構建，為后續研究魚類環狀RNA的生物學功能奠定基礎。

為了**檢測斑馬魚體內環狀RNA的表達情況，研究人員采用環狀RNA測序技術，對雌雄斑馬魚的混合樣品進行環狀RNA測序，并利用三種算法對測序數據進行分析，共發現3868條環狀RNA。對環狀RNA的基因組來源進行分析，發現環狀RNA可分為5類，其中正義重疊（sense overlapping）區產生的環狀RNA占大多數。

2. 檢測金標準：環狀RNA PCR

實時定量PCR技術基于其高度的準確性和靈敏度，常被用來作為檢測基因表達的金標準。為了驗證測序結果的準確性，研究人員從不同的組織樣品中隨機挑選了25條環狀RNA，利用“divergent primers”進行PCR檢測，其中21條RNA均在PCR實驗中確定表達。此外，為了更進一步鑒定出環狀RNA的表達，研究人員利用Sanger測序法對環狀RNA的特有的反式剪接位點進行測序，以此證實了環狀RNA的存在。

3. 深入的數據挖掘：環狀RNA同源性及靶miRNA分析

2013年兩篇Nature文章揭示環狀RNA具有miRNA海綿的功能，它可以吸附miRNA來調節基因的表達。此后，環狀RNA的ceRNA功能機制正被人們研究。因此，研究人員對斑馬魚體內高表達的176中環狀RNA進行靶miRNA的結合預測。大多數環狀RNA*有一到兩個miRNA結合位點，且一些環狀RNA與同一miRNA的結合位點是相同的，暗示著環狀RNA彼此之間的競爭性與miRNA結合。其中，dre-miR-2193能夠與29種環狀RNA結合。以上結果表明斑馬魚體內環狀RNA可能存在的miRNA的海綿功能。

一般認為，環狀RNA具有高度保守性。根據已發表的數據庫，研究人員對人，鼠，矛尾魚和斑馬魚的環狀RNA進行保守性分析，發現約30%的環狀RNA在四個物種間高度保守。

結語：

作為一種存在于各類真核生物中的新型非編碼RNA，環狀RNA逐漸成為了當下熱門的明星分子。由于環狀RNA的研究剛剛起步，已經進行過環狀RNA研究的物種數量還非常有限。因此，對新物種中環狀RNA表達譜進行系統性研究就成為了發表SCI文章的一條捷徑。 云序生物客戶發表的這項成果是全世界首篇對斑馬魚環狀RNA進行系統性研究的文章，也為廣大研究人員提供了一個非常好的模板，即：如何通過環狀RNA高通量測序和生物信息學分析，在不進行功能和分子機制研究的情況下，短平快的發表一篇影響因子不錯的文章，非常具有借鑒意義。

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