一次RNA甲基化測序，多項成果|云序測序帶您超高性價比體驗

文章導讀
RNA修飾是表觀遺傳學中調控轉錄后基因表達的關鍵過程，目前對m6A RNA修飾的研究已進行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多種RNA修飾類型參與調控轉錄后的基因表達，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修飾以及ac4C乙?；揎?，在這些領域的研究中也不斷有高分文章的出現。云序生物是國內RNA修飾測序的***，可針對mRNA和各種非編碼RNA提供各類RNA修飾測序服務 (m6A﹑m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前，云序已累計支持客戶發表32篇高水平文章，合計影響因子204分，是國內支持發文*多、累計影響因子**的公司。
近日，云序客戶分別在肝*和胃*中進行了m6A和m5C RNA甲基化的全轉錄組測序（circRNA、lncRNA和mRNA），其中在肝*中進行的m5C測序數據發表了三篇表達譜的文章，實現了一次測序，三套數據，三項成果的“大滿貫”；隨之在胃*中進行的m6A測序數據也發表兩篇表達譜文章。真正體現了一次測序三套數據（circRNA、lncRNA和mRNA），多項成果，超高性價比，短平快發表高分文章。這里我們收集整理了這5篇云序生物提供服務的甲基化測序研究的文章，帶領大家掌握常規性表達譜分析思路，給各位老師一個充分利用測序數據的思路。

項目文章

（一）云序客戶m5C RNA甲基化修飾表達譜，一次測序三篇文章

疾?。焊?
樣品：肝*組織vs*旁組織（6 vs 6）
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq


1. 人肝*和對應臨近非**組織中mRNA的差異m5C表達譜概述
發表雜志：Journal of Translational Medicine
影響因子：8.44
發表日期：2020.06.22
文章鏈接：Overview of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues
轉錄后甲基化修飾，如5-甲基胞嘧啶(m5C)修飾，與**的**發生密切相關。然而，肝細胞*(HCC)中m5C修飾的mRNA表達譜尚不清楚。本文通過由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鑒定人HCC組織及鄰近組織mRNA上的m5C峰，通過由云序生物提供的RNA-seq聯合分析并預測特定甲基化轉錄本的功能。結果發現m5C在HCC和配對的非**組織中存在**差異，暗示了m5C可能在HCC的發病機制中發揮作用。此外，GO和KEGG分析表明mRNA m5C在HCC中獨特的分布模式與**的細胞功能相關。

 

2. 人類肝細胞*中環狀RNA的獨特5-甲基胞嘧啶譜
發表雜志：Am J Transl Res
影響因子：3.5
發表日期：2020.12.09
文章鏈接：Distinct 5-methylcytosine profiles of circular RNA in human hepatocellular carcinoma
*近的研究表明，幾種環狀RNA (circRNAs)可以影響肝細胞*(HCC)的發生和發展。轉錄后甲基化修飾，包括5-甲基胞嘧啶(m5C)修飾，與**的發生密切相關。然而，HCC中circRNA的m5C修飾圖譜仍有待研究。在本研究中，作者通過云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq來識別人類HCC組織和配對的非**組織的circRNA上的m5C位點。進一步分析了m5C與HCC的關系。此外，根據生物信息學分析預測了特定甲基化轉錄本的功能。作者發現在HCC組織和配對的非**組織中m5C存在**差異，提示circRNA的m5C在HCC的發展中可能發揮關鍵作用。此外，基因本體論(GO)分析結果表明，circRNA m5C在HCC中獨特的分布模式與特定的代謝相關通路相關?？傊?，該項研究結果表明，HCC與circRNA的m5C之間可能存在關聯，該結果也為circRNA的m5C RNA甲基化在HCC進展中的新功能提供了新的見解。

3. 肝細胞*中lncRNA的m5C轉錄表達譜分析
發表雜志：Cancer Management and Research
影響因子：3.602
發表日期：2020.05.14
文章鏈接：Transcriptome-Wide 5-Methylcytosine Functional Profiling of Long Non-Coding RNA in Hepatocellular Carcinoma
越來越多的證據表明，甲基化狀態與多種**的發病機制有關。其中，肝細胞*(HCC)是威脅全球人類健康的致命疾病。雖然5-甲基胞嘧啶(m5C)已被確定為一種重要的調控修飾，但其在實體**(包括HCC)中的分布仍不清楚。本研究旨在探討m5C在HCC中的分布與相關功能。通過由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq，我們觀察到在HCC lncRNA中，m5C甲基化需要一個序列基序。無監督的分級聚類分析證實，lncRNA m5C的甲基化在HCC中比鄰近的非**組織更常見。通過由云序生物提供的RNA-seq數據顯示，在HCC中，更多基因通過甲基化表達上調，而在鄰近的非**組織中，甲基化表達下調更多基因。GO和KEGG通路分析顯示，lncRNA中與m5C位點**相關的基因參與了HCC信號通路。結果表明，與鄰近的非**組織相比，HCC中m5C的數量和分布有很大差異。本文進一步預測了m5C可能參與的HCC細胞功能，為m5C lncRNA在HCC**發生進展中的表觀遺傳調控提供了證據。

（二）云序客戶m6A RNA甲基化修飾表達譜，一次測序兩篇文章

疾?。何?
樣品：胃*組織vs*旁組織（6 vs 6）
研究方法：m6A-MeRIP-Seq，RNA-seq


4. m6A修飾對其修飾基因在胃*中的異常表達及預后的潛在影響
發表雜志：Frontiers in Genetics
影響因子：4.772
發表日期：2020.11.4
文章鏈接：The N6-Methyladenosine Features of mRNA and Aberrant Expression of m6A Modified Genes in Gastric Cancer and Their Potential Impact on the Risk and Prognosis
雖然已知n6 -甲基腺苷(m6A) mRNA甲基化與**發生密切相關，但其在**發**展中的作用還不清楚。本研究通過測序鑒定m6A修飾基因在胃*中的表達進一步探討其對胃*發展和預后的潛在影響。通過云序生物提供的m6A-MeRIP-Seq對三對胃*和*旁*組織進行測序分析并結合TCGA數據進行臨床、病理相關及生存分析，發現m6A修飾保守序列GGACAR (R = U或A) C在胃*組織和*旁組織中是一致的。對于大多數樣本中m6A峰在編碼序列3’UTR更富集。mRNA中m6A修飾水平較高的基因主要富集在致*進程的轉錄調控紊亂中，而甲基化修飾水平較低的基因主要調控蛋白質的消化吸收。在GC和配對的*旁組織中存在差異的m6A修飾基因，這些基因主要富集在轉錄調控紊亂和蛋白質的消化/吸收通路中。m6A修飾在胃*中具有下調和上調基因，可能在胃*發生過程中發揮重要作用，影響胃*的發病風險和預后。

 
5. 胃*中lncRNA m6A甲基化修飾與lncRNA/mRNA表達聯合分析
發表雜志：Cancer Cell International
影響因子：6.429
發表日期：2020.9.25
文章鏈接：Joint analysis of lncRNA m6A methylome and lncRNA/mRNA expression profles in gastric Cancer
N6-methyladenosine (m6A)修飾可能與胃*的發**展密切相關。目前，通過對胃*相關的基于長鏈非編碼RNA(lncRNAs)的m6A RNA甲基化進行高通量檢測的研究仍然有限。通過云序生物提供m6A-MeRIP-Seq對三對胃*和*旁*組織進行測序然后依次進行共表達分析和基因富集分析。在GC中鑒別出191個差異值m6A甲基化lncRNA, 240個差異lncRNA, 229個差異mRNA表達。此外，篩選了既發生差異甲基化又發生差異表達的lncRNAs (DME-lncRNAs)，包括RASAL2-AS1、LINC00910、SNHG7和LINC01105。通過共表達分析探討其潛在靶基因?；蚋患治霰砻?，它們可能影響參與有絲分裂和細胞周期的細胞過程和生物學行為。在GC中發現的4種新型DME- lncRNAs，它們可能對GC細胞增殖起調控作用。本研究將為lncRNA 基于m6A甲基化修飾的胃*病因和發病機制研究提供線索。

總結
以上兩個案例均是云序客戶的MeRIP測序結合全轉錄組測序，利用相關測序分析數據得到的成果。實現一次測序3套數據的超值性價比，從而檢測出的circRNA，lncRNA，mRNA修飾情況，進一步深度挖掘不同分子的RNA修飾機制。




云序生物m5C修飾研究五大模塊
1. m5C RNA修飾測序
m5C RNA修飾測序（m5C-seq）
對m5C RNA甲基化，目前流行的檢測手段為m5C-Seq技術，適用于m5C RNA甲基化譜研究，快速篩選m5C RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m5C測序：

• m5C 全轉錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）
• m5C  LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）
• m5C  Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）
• m5C  mRNA測序

2. 檢測整體m5C RNA修飾水平
LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
**高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
3. m5C RNA修飾上游酶的篩選
m5C RNA修飾相關酶PCR芯片
尋找上游直接調控m5C RNA甲基化的甲基轉移酶。
4. m5C RNA修飾靶基因驗證
meRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
5. 機制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調控機制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白，研究相應的分子調控機制。
5.3 雙熒光素酶實驗
驗證兩基因互作，研究相應的分子調控機制。


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