云序超微量merip測序技術助力用戶m6A甲基化文章連續發表

m6A甲基化位點的檢測依賴于MeRIP-seq，其中的抗體免疫共沉淀（IP）環節要求樣品RNA起始量相較普通轉錄組測序要高，曾經令許多難以大量獲取的組織、細胞或體液樣本被拒在m6A研究的大門之外。

云序生物自2018年推出了超微量RNA甲基化測序（超微量MeRIP-seq），對免疫共沉淀和高通量測序步驟進行優化，克服了常規抗體富集至少需要100μg總RNA的難題，實現了*需500ng總RNA即可IP、建庫測序，為微量樣本研究m6A等甲基化修飾帶來福音。本期我們就為大家解析兩篇云序客戶近期發表的應用了超微量merip技術測序的m6A表達譜文章。

文章1：高度近視眼晶狀體前囊的m6A修飾譜

發表日期：2020.10.27

研究單位：天津醫科大學眼科醫院孫靖教授團隊

影響因子：4.861

研究方法：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq

樣品類型：單純白內障患者和高度近視的白內障患者晶狀體前囊

樣本數量：3 ：3

RNA量：低至500ng

文章鏈接：Comprehensive analysis of transcriptome-wide m6A methylome in the anterior capsule of the lens of high myopia patients

文章解析：

1）m6A位點的統計和分布

文章通過m6A-MeRIP-seq，在單純白內障患者和高度近視的白內障患者晶狀體前囊中分別檢測到13617和8569個m6A位點，發生m6A修飾的基因分別為8196和5896個。文章展示了兩組中m6A位點的分布和motif序列，并對具有單個和多個m6A位點的基因進行了統計。

2）m6A修飾基因的功能

為了探究m6A修飾與高度近視的關系，文章對兩組間差異基因進行了GO和KEGG分析，發現m6A修飾差異基因多與細胞外基質的結構變化和形成有關。

3) m6A修飾與基因表達聯合分析

通過m6A-MeRIP-seq和RNA-seq聯合分析，文章展示了m6A修飾水平與基因表達水平間的關系，統計發現表達高的基因分組中，受m6A修飾的基因比例也更高。

4）甲基化相關酶的表達

通過qPCR檢測了兩組樣品中6個甲基化相關酶的表達，發現在高度近視白內障患者中甲基化酶METTL3表達上升，去甲基化酶FTO和 ALKBH5、識別蛋白YTHDF1和YTHDF2表達下降，暗示這些酶可能通過調節m6A修飾在高度近視中發揮影響。

文章2：老年性白內障晶狀體上皮細胞內circRNA的m6A修飾和甲基化酶

發表日期：2020.8.6

研究單位：南通大學附屬醫院眼科研究所

研究方法：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq

樣品類型：老年白內障患者（ARC）和正常人的晶狀體上皮細胞

樣本數目：3:3

RNA量：低至500ng

文章鏈接：Identification and Characterization of N6 -Methyladenosine CircRNAs and Methyltransferases in the Lens Epithelium Cells From Age-Related Cataract

文章解析：

1）circRNA甲基化位點和表達水平整體統計

文章通過對老年白內障患者和正常人的晶狀體上皮細胞進行m6A-MeRIP-seq, 檢測到circRNA中患者特有的m6A位點974個，正常人特有的m6A位點1109個，共有的位點2793個。文章展示了m6A修飾區域的motif分析，位點染色體分布，統計了帶m6A修飾的circRNA的類型、外顯子數目，比較了兩組樣品間m6A水平和circRNA表達，并針對m6A水平差異的circRNA的功能進行了GO和KEGG分析預測。

2）m6A水平和circRNA表達聯合分析

文章結合了RNA-seq，兩組學聯合分析展示了m6A水平與circRNA表達的關系。通過GO功能分析和統計學分析，進一步挖掘了m6A水平差異的circRNA可能影響ARC的功能機制。

3）m6A相關酶對ARC的影響

通過RNA-seq分析發現疾病組去甲基化酶ALKBH5甲基化酶METTL14差異表達，而FTO、METTL3和WTAP表達無**差異。通過UVB照射后qPCR和WB驗證到ALKBH5表達水平升高，暗示 ALKBH5與疾病組m6A修飾差異有關。

云序生物—RNA修飾優勢

國內*早提供10分以上RNA修飾文章發表服務平臺

目前累計發表27篇文章，合計影響因子高達185分，是國內支持發文*多、累積影響因子**的服務平臺。

提供多種分子RNA修飾測序服務

云序針對m6A、m5C、m7G、m1A, ac4C等修飾提供merip/acrip測序服務，針對m5C、m7G、2’-O甲基化可以采用化學法實現對RNA修飾位點研究的單堿基分辨。

提供超微量RNA修飾測序服務

低至500ng總RNA即可完成測序

提供RNA修飾系統性測序服務

云序m6A RNA修飾課題技術服務五大模塊:

m6A RNA修飾測序

MeRIP-seq

通過使用m6A抗體富集高甲基化的RNA片段，然后結合高通量測序，在全轉錄組范圍內研究發生m6A的區域

m6A RNA修飾靶基因驗證

 MeRIP-qPCR

云序提供m6A的MeRIP-qPCR服務，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證m6A修飾靶基因表達水平。

機制互作研究

RIP-seq/qPCR

篩選或驗證m6A修飾直接靶點，研究m6A修飾靶基因的調控機制。

RNA pull down -MS/WB

篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白，研究相應的分子調控機制。

雙熒光素酶實驗

驗證兩基因互作，研究相應的分子調控機制。

RNA修飾上游酶的篩選

RNA修飾相關酶PCR芯片

尋找上游直接調控m6A甲基化的甲基轉移酶。

檢測整體m6A RNA修飾水平

LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平

**高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。

比色法檢測整體m6A甲基化水平

周期短、RNA起始量小，低至200ng。

云序客戶RNA修飾文章列表

相關產品：

m6A RNA甲基化測序

m5C RNA甲基化測序

m1A RNA甲基化測序

RNA乙?；瘻y序

m7G （m3C）RNA 甲基化測序

2’-O-RNA甲基化測序

比色法檢測整體m6A甲基化水平

LC-MS/MS檢測核酸修飾水平

m6A Writers/Erasers/Readers預制病毒庫

 RNA修飾相關酶PCR芯片

ChIP-seq

CoIP

往期回顧

m1A多篇齊發：除了m6A，還有哪些熱門RNA修飾？

云序客戶**成果揭秘：三個月內搞定5分m6A甲基化譜文章？

云序4篇項目文章|m5C RNA修飾表達譜文章教您如何另辟蹊徑快速發文

ac4C榮登Nature：RNA修飾研究大有可為

8月m6A RNA甲基化影響因子10+文章集錦

去甲基化酶ALKBH5在胰腺*中的作用榮登15分雜志

人類組織中m6A修飾的動態變化和進化

METTL3調控m6A甲基化修飾影響小鼠脂肪細胞發育

云序客戶|華南農業大學余義勛課題組揭示植物RNA m1A修飾調控機制

m6A RNA甲基化10+文章就看這篇！

云序Hepatology文章| m6A甲基化在非酒精性脂肪肝病中的作用研究

Cell Research 新玩法：m6A+circRNA玩轉17分文章

m6A閱讀器YTHDF1介導EIF3C翻譯促進卵巢*進展

RNA甲基化 m6A有望成為不育癥**新靶點

云序年終巨獻|5篇m6A甲基化文章教你如何純測序數據發5分sci

何川教授**Science揭秘m6A修飾新功能 －－ 調控染色質狀態和轉錄活性

臨近年末，恭賀云序客戶再發10分RNA甲基化文章